Два названия должности нужно разделить запятыми (глава конфедерации, народный депутат). Но между названием должности и ученой степенью, действительно, ставить запятую не нужно, такие приложения неоднородны.

Да, сочетания по Иванову, по Розенталю корректны, однако носят разговорный характер. 

Ударение остается на корне: нет ротанов. Определить это можно только по словарю: в русском языке ударение свободное, подвижное и в одних словах может оставаться на основе при склонении слова, а в других – переходить на окончание.

Заявление, в отличие от некоторых других документов (например, паспорта, водительского удостоверения) составляется в свободной форме. Существуют рекомендации по оформлению, однако абсолютно жесткими они никогда не были и не являются таковыми сейчас.

См.: Как писать заявление?

Как правило, уточняющие члены предложения выделяются запятыми. Для случаев вариативного употребления запятой и тире можно привести следующие примеры: Оставалось несколько свободных вакансий, а точнее (–,) пять. На площадку классного вагона вышел человек в черной – до ворота застегнутой – гимнастерке.

Такова литературная норма. Объяснить, почему ударение в слове падает на тот или иной слог, нельзя. Русское ударение свободное, разноместное, может падать на любой слог (в отличие, например, от французского языка, где ударение фиксированное – всегда на последнем слоге).

Строгих правил нет, используют свободные формулировки"настоящее имя — такой-то" или "псевдоним такого-то". Это указание обычно заключают в скобки. Ваш пример можно оформить, например, так: Евгений Петрович Петров (настоящая фамилия — Катаев; 1902—1942) — советский писатель, драматург, журналист, военный корреспондент.

Слитно пишутся термины, раздельно — свободные сочетания наречий с прилагательными и причастиями, ср.: вечнозеленый, вечномерзлый, вечноцветущий, вечноснежный (термины), но: вечно сомневающийся в себе, вечно молящий о прощении, вечно цветущий не вовремя, вечно зеленый и дрожащий от холода и голода.

В русском языке порядок слов свободный, в предложении нет строго закрепленного места за тем или иным его членом. Некоторые закономерности есть, о них можно прочитать, например, в разделе «Порядок слов в предложении» «Справочника по правописанию и литературной правке» Д. Э. Розенталя.