Союз то... то служит для связи однородных обстоятельств, выраженных деепричастными оборотами, поэтому отделять его от самих оборотов не нужно. Запятыми выделяется весь ряд однородных обстоятельств: Впереди, среди света и теней, то садясь на задние лапки и поднимая торчком уши, то делая короткие прыжки, двигался заяц...

Ср.: Заяц то делал короткие прыжки, то, поднимая торчком уши, садился на задние лапки. В этом предложении союз то... то соединяет однородные сказуемые, а деепричастный оборот, относящийся ко второму сказуемому, выделяется запятыми.

Приложение, присоединяемое словами по имени, по фамилии, по прозвищу и др., может выделяться запятыми (если нужно передать соответствующую интонацию). Если интонации обособления нет, запятые не ставятся. В приведенном Вами примере более вероятным представляется написание без запятых. Ср.: Мальчик этот, по имени Гумбольт, победил ведьму...

Правильнее будет разделить определения запятыми как однородные.

Это не подлежащее, а бывшее подлежащее. Подлежащим оно является в утвердительном (исходном) варианте предложения: Под потолком был (находился, имелся, висел...) абажур. В результате введения в предложение отрицания оно превращается в безличное, главным членом которого остается бытийный глагол, а подлежащее принимает форму родительного падежа и перестаёт быть подлежащим, потому что подлежащих в Р. п. традиционной грамматикой не предусмотрено. Самая корректная квалификация этого члена предложения — именно бывшее подлежащее. Дополнением считать его нельзя, потому что дополнений, которые при изъятии отрицания превращаются в подлежащие, не бывает.

Никакого, конечно, является определением.

В современном русском языке форма куполы уже не является нормативной, правильно: купола. Но раньше форма на -ы была основной, как и у многих других существительных мужского рода, которые сейчас в именительном падеже мн. числа оканчиваются на -а, -я (поезда, тополя, повара и мн. др.). 

Конкуренция форм мн. числа на -ы (-и) и -а (-я) продолжается уже не одно столетие, формы на -а (-я) появляются у всё большего числа слов, при этом они (как и любые новые варианты) вынуждены преодолевать общественное неприятие. Можно привести такую интересную цитату из справочника 1890 года «Неправильности в современном разговорном, письменном и книжном русском языке», в которой идет речь о вариантах поезды – поезда: «Поезда вместо поезды ныне во всеобщем употреблении, но совершенно неправильно и неизвестно на каком основании». Как мы видим, языковые законы всё же сильнее нормализаторских запретов.

В обоих примерах не пишется слитно с причастием.

А что тогда понимать под "господствующей церковью"?

Это просторечие.

Во всех перечисленных случаях кавычки не требуются.