Логичным будет поставить точку после фрагмента кода: Откройте этот файл и введите следующее содержимое: def add_one(number): return number + 1. Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям. Если есть опасение, что читатель воспримет точку как элемент кода, а не знак конца предложения в тексте-инструкции, можно отвести фрагменту кода отдельную строку:

Откройте этот файл и введите следующее содержимое:
ef add_one(number): return number + 1
Если вы не знакомы с модулями Python и пакетами импорта, потратьте несколько минут на прочтение документации Python по пакетам и модулям.

После даты выдачи документа должен пройти как минимум один год, прежде чем наступит день (дата), когда можно обращаться с заявлением. Иными словами, формулировка подразумевает следующую календарную последовательность трех сроков: 1) первый промежуток времени, когда выдан документ; 2) второй промежуток времени, равный одному году; 3) момент времени (день), когда обращаются с заявлением. Фразы с сочетанием не позднее вполне объяснимо вызывают трудности у авторов и читателей текстов (см., в частности, пример в вопросе 322482). С помощью сочетания не позднее может быть обозначена сложная комбинация разных сроков — промежутков и моментов времени. Рекомендуем за дополнительными разъяснениями обратиться к материалу статьи Е. Геккиной «Время и деньги в сложных грамматических условиях» (опубликована в «Трудах Института лингвистических исследований» в 2016 году).

Верно слитное написание.

Вы не указали, на какой сборник правил Вы ссылаетесь. Возможно, авторы имели в виду слова указанной структуры и привели только два примера. 

Это не вводные слова, обособление не требуется.

Дело в том, что последнее издание «Русского орфографического словаря» указывает как правильное написание притом что, хотя в остальных словарях, справочниках и художественных текстах пишется: при том что.