Сказуемое при подлежащем – количественно-именном сочетании (счетном обороте) может иметь как форму единственного, так и форму множественного числа. Ср.: Вошло семь человек погони... (Лесков). – Наутро пятьдесят семь выходцев подали заявления с просьбой принять в колхоз (Шолохов). Однако при обозначении меры веса, пространства, времени и т. д. употребляется форма единственного числа сказуемого, так как в этом случае имеется в виду единое целое, например: 75 км тепловых сетей было переложено.
Возможные варианты постановки знаков препинания в зависимости от того, какое значение автор придаёт причине появления «здесь» святой воды:
- Серёжа опустился на колени рядом с товарищем, протянув ему стакан святой воды, которая всегда стояла здесь в пятилитрушке: ну а вдруг кто помянуть захочет?
- Серёжа опустился на колени рядом с товарищем, протянув ему стакан святой воды, которая всегда стояла здесь в пятилитрушке (ну а вдруг кто помянуть захочет?).
Сочетание (да) что там в описанном Вами значении является усилительной частицей, не требующей обособления. Сравним примеры из «Словаря сочетаний, эквивалентных слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003): — Что там медали! Мы и сами гляди как потускнели, поистратились, — заметил Фёдор (Носов. Шопен, соната номер два). Знаешь, у меня какое лесничество? Двести сорок тысяч га! Мне за год не обойти это царство. Да что там за год! (Абрамов. Сосновые дети).
«Однородные члены предложения отвечают на один и тот же вопрос» – слишком упрощенная и не вполне верная трактовка. Вот какое определение предлагает, например, «Словарь лингвистических терминов» Д. Э. Розенталя, М. А. Теленковой: «Однородные члены предложения – члены предложения, выполняющие одинаковую синтаксическую функцию, объединенные одинаковым отношением к одному и тому же члену предложения, связанные между собой сочинительной связью». То, что вопросы разные (что делали? что делаем? что будем делать?), не повод считать сказуемые в данном предложении неоднородными.
Поясняющее сочетание в скобках вполне может стоять в форме именительного падежа. Другое дело, что в приведенной формулировке не хватает информации для непосвященного читателя — не ясно, почему некое поле имеет название и при чем здесь Всесоюзный институт масличных культур. Очевидно, в тексте желательно упомянуть, что поле было опытно-селекционным, затем оно было преобразовано в опытную станцию по масличным культурам, а в 1932 году на базе этой станции был организован Всесоюзный научно-исследовательский институт масличных культур.
После оттого ставится запятая, если на это слово падает логическое ударение. В ином случае запятая не ставится.
Если объединить эти предложения, то принцип тот же. Если на оттого падает логическое ударение, то верно: ...а по принципам советской конторы оттого, что она, по сути, формировалась... Если оттого не выделяется интонацией, то верно: ...а по принципам советской конторы, оттого что она, по сути, формировалась...
Обратите внимание, что здесь не вполне ясно, какое слово заменяет местоимение она: группа или контора.
Для того чтобы точно ответить на вопрос о пунктуации в Ваших примерах, требуется более широкий контекст. Общее правило следующее. При встрече вводного слова и союза запятая после союза ставится, если вводное слово (кроме того) можно опустить или переставить в другое место предложения без нарушения его структуры. Если же изъятие вводного слова невозможно (то есть союз включается во вводную конструкцию, образуя с ней единое сочетание), то запятая после союза не ставится (обычно это бывает при союзе а).
С точки зрения современных словообразовательных отношений мотивирующим словом для слова токарь является глагол точить. Те же отношения наблюдаем в парах лечить — лекарь, звонить — звонарь, писать — писарь. Конечная гласная основы инфинитива при словопроизводстве отсекается. Слова на -арь могут быть также образованы от прилагательных (дикий — дикарь) и от существительных (пес — псарь). Слово слесарь ни от чего не образовано, это заимствованное слово (нем. Schlosser), фонетическая форма которого сближена с обликом других слов на -арь.
Видите ли, приведенные Вами примеры сейчас звучат не вполне естественно. Слово взволновать в своем прямом значении 'привести в колебательное движение, заставить колыхаться, колебаться' уже почти не употребляется, примеры, иллюстрирующие это значение в словарях 20 века, воспринимаются как архаичные (напр.: Река лежала у ног их и, взволнованная лодкой, тихо плескалась о берег. М. Горький). Современный «Большой толковый словарь русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова фиксирует глагол взволновать только в одном значении – 'привести в состояние волнения; встревожить'. Сейчас слова взволновать, взволнованный характеризуют человека: девушка взволнована, речь ее была взволнованна, у отца был взволнованный вид.
Краткая форма от взволнованный пишется с одним н, кроме тех случаев, когда слово употреблено в значении 'выражающий волнение': девушка взволнована письмом, девушка взволнована, но речь ее взволнованна. Если не брать во внимание архаичный характер прямого значения глагола взволновать, то следует писать: море взволновано бурей, море взволновано. Хотя, наверное, возможно и олицетворение орфографическими средствами: море взволнованно.
В современном русском языке в таких конструкциях существительное обычно употребляется в творительном падеже. Однако в художественной речи можно встретить и формы именительного падежа.