Логику учебника проследить трудно. В школьной практике строгого разграничения таких случаев не проводится (в действительности функции обстоятельства и дополнения в этих примерах совмещены).

Правильная (возможная) расстановка знаков препинания такова:

Главное, чтобы ты не забыл о том, что не всё на свете сделано из серого камня, и внутри человека есть место, до которого никто не может добраться, и оно твоё.

В предложении Я вышла из дома, светило солнце, и сновали птицы запятая перед союзом и нужна, так как он соединяет части сложносочиненного предложения. Заметим при этом, что более уместным решением было бы оформление высказывания в двух предложениях: Я вышла из дома. Светило солнце, и сновали птицы (в первой части глагол-сказуемое совершенного вида, в двух других — несовершенного, что указывает на более тесную связь этих двух последних друг с другом, нежели на их связь с первой частью). В предложении На улице светило солнце, шумел ветер и гуляли люди запятая перед союзом и не требуется, так как у всех частей есть общий элемент — обстоятельство на улице (и все глаголы-сказуемые несовершенного вида).

В последнем из приведенных предложений запятая перед союзом и нужна, потому что он соединяет части сложносочиненного предложения. Эти части не объединены каким-то общим элементом (обстоятельством, частицей и т. п.). Они неполные и имеют параллельную структуру, отчего в них и используется тире, сравним: Численность первого вида [составляет] 4 экз., [численность] второго [составляет] 3 экз., и [численность] третьего [составляет] 2 экз.

СВИДЕ́ТЕЛЬСТВО [факты, обстоятельства, подтверждающие, удостоверяющие что-л.] — 1. чего (при выражении зависимого слова существительным). Свидетельство наших успехов. 2. чему (при выражении зависимого слова указательным местоимением). Любишкину с немалым трудом удалось увести корову, свежая царапина на щеке была тому свидетельством (Ш.).

Одно из значений родительного падежа в русском языке – указание на производителя действия, ср.: выступление докладчика (выступает докладчик), крик ребенка (кричит ребенок), шум ветра (шумит ветер). Аналогично: консультация невролога (консультирует невролог). Совпадение этой конструкции с винительным падежом (указание на лицо, на которое направлено действие) не делает ее неправильной.

Слово набухший в речи может быть как причастием, так и прилагательным. Ср.: Она не плакала, но глаза ее были красными, а веки набухшими и Внизу на уровне третьего этажа ветер силился раскачать набухший от дождя плакат. Образуется оно от основы пр. времени глагола сов. вида набухнуть  – набух (ср.: набухла, набухли). 

Если однако имеет значение противительного союза но (стоит в начале предложения или соединяет однородные члены), то запятая ставится только перед союзом: Информация отсутствует, однако ее можно запросить. Однако подготовка и проведение конкурсов планируется позднее. Обособляется вводное слово однако и однако в значении междометия: Смотри, однако, будь осторожен! Однако, какой ветер!