Предложения здесь день и там ночь относятся к эллиптическим (самостоятельно употребляемым предложениям с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Приведенное сложное предложение, между частями которого действительно наблюдается синтаксический параллелизм, наиболее естественно читается с паузой во второй части.
Согласно правочнику В. В. Лопатина, в начале предложения не разделяются запятой сочинительный и подчинительный союзы.
По справочнику Д. Э. Розенталя, после союза но запятая ставится при наличии паузы между союзами и не ставится, если паузы нет.
Таким образом, можно найти аргументы и в пользу запятой, и против нее.
Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же).
Варианты Ты, что, заболел? и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными.
Это предложение действительно может прочитано и оформлено по-разному: 1) если после существительного объекты сделать паузу, оно будет обобщающим для однородного ряда названий объектов: Учреждение направляет информацию по объектам: «...», «...», «...», «...» — и сообщает следующее...; 2) если паузу не сделать, существительное объекты будет общим приложением для этих названий: Учреждение направляет информацию по объектам «...», «...», «...», «...» и сообщает следующее...
Коллега! Процитируем академическую "Русскую грамматику" (М., 1980):
§ 2066. Предложение может распространяться рядом словоформ, синтаксически не подчиненных друг другу и связанных между собой союзом и интонацией или только интонацией. Связь словоформ, образующих ряд, называется сочинительной связью. Словоформы, составляющие ряд, обычно занимают в предложении одну и ту же синтаксическую позицию: Однажды лебедь, рак да щука везти с поклажей воз взялись (Крыл.); А Дарья домой воротилась - Прибраться, детей накормить (Некр.); В степи, за рекой, по дорогам - везде было пусто (Л. Толст.). Такие словоформы, объединенные сочинительной связью, являются однородными членами предложения.
Так что ничего нового здесь нет!
В Вашем примере запятая не нужна.
Различия есть: в предложении С учёбой (—) беда слово беда имеет значение 'плохо, скверно' и близко по функции к словам категории состояния (аналогично обстоит дело со словом засада в предложении С контрольной (—) засада), а в предложении С дедушкой (—) беда слово беда употреблено в значении 'несчастье, горе' и выполняет функцию подлежащего в эллиптическом предложении (самостоятельно употребляемом предложении с отсутствующим сказуемым). В эллиптических предложениях тире ставится при наличии паузы и не ставится при её отсутствии. Что касается случаев первого типа, то пунктуация в них не кодифицирована, но, как представляется, здесь можно действовать аналогичным образом: ставить или не ставить тире в зависимости от паузы.
Предлог включая и союз в том числе различаются грамматически — принадлежат к разным частям речи; включая, как и любой предлог, требует определенного падежа существительного (включая кого-что-л.), союз в том числе, как и любой союз, такого свойства не имеет. ЧТо касается значения, то в словарях можно найти указание, что предлог включая синонимичен союзу в том числе, а также толкование предлога включая через в том числе. Судя по этим данным, значение у рассматриваемых единиц одно и то же. Особо следует сказать о сочетании в их числе. Это сочетание образует так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен: ...в их числе — JZ; ...в их числе JZ.
Современной орфографической норме соответствует написание естественно-научный. Можно сослаться на «Русский орфографический словарь» РАН под ред. В. В. Лопатина (М., 2007) – самый полный современный орфографический справочник, а также на «Орфографический словарь русского языка» Б. З. Букчиной, И. К. Сазоновой, Л. К. Чельцовой (М., 2008), включенный приказом Министерства образования и науки РФ в список грамматик, словарей и справочников, содержащих нормы современного русского литературного языка при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации.
Затруднения в написании слова естественно-научный обусловлены тем, что по «Правилам русской орфографии и пунктуации» 1956 года (которые действуют до сих пор) верно слитное написание этого слова (как образованного от словосочетания естественные науки). Однако в пунктах, касающихся слитного / дефисного / раздельного написания, «Правила русской орфографии и пунктуации» устарели и расходятся с современной практикой письма, поэтому необходимо руководствоваться предписаниями современных орфографических словарей.
Относительно подобных предложений единой точки зрения нет. Одни ученые считают, что в том случае, когда инфинитив находится в начале предложения, а после группы инфинитива есть пауза, предложение двусоставное — в отличие от случая, когда инфинитив находится после слова категории состояния (тогда предложение оказывается безличным). Так говорилось в академической Грамматике 1954 г. и в целом ряде других изданий. Другие считают, что в обоих случаях предложение безличное (и лично мне эта точка зрения ближе), а пауза объясняется тем, что препозитивный инфинитив становится темой (но не подлежащим) и предложение в целом становится коммуникативно расчлененным.
Таким образом, универсального правильного ответа на этот вопрос нет. Если это вопрос, связанный с тестовым заданием, школьными занятиями и т. п., нужно искать ответ в программе, на которую опирается система тестов, учебнике, который принят в данной школе, и т. д.