Запятая требуется, поскольку в данном случае оборот с союзом как выражает сравнение и представляет собой неполное предложение, сравним: Грузию нужно избавить от партии Саакашвили, как [организм избавляют] от опухоли, заявил основатель...

С собственно языковой точки зрения в этом нет ошибки: ведомство — родовое наименование в отношении слова министерство. Однако в структуре российской исполнительной власти министерства обычно отграничивают от ведомств. К последним относят такие органы исполнительной власти, как агентства, службы, комитеты и др.

В значении 'печень животного как пища' слово печёнка не является разговорным и вполне может употребляться в кулинарных книгах. Печёнка – разговорное слово при употреблении в значении 'печень как орган' (печёнка заболела вместо стилистически нейтрального печень заболела) и в значении 'внутренности вообще' (отшиб все печёнки).

При официальном употреблении (например, в текстах официальных документов) правильно: Администрация Президента Российской Федерации. Ср. в Положении об Администрации Президента Российской Федерации: «Администрация Президента Российской Федерации является государственным органом...»

При неофициальном употреблении правильно написание строчными. Например, в газетной статье: В администрации президента заявили...

Большой толковый словарь

Как явствует из интернет-источников, симбионт и симбиот имеют разные значения. Симбионт — организм, участник симбиоза, а симбиот — представитель инопланетной расы, появляющейся в американских комиксах. Пример из НКРЯ: Предположительно, герой Тома Харди в картине будет противостоять серийному убийце Клетусу Кэссиди в исполнении Вуди Харрельсона, тело которого, как и в случае с персонажем Харди, захватит инопланетянин-симбиот.

Подобных примеров там 7, а примеров на симбионт 27.

Поэтому они, конечно, не равнозначны. 

1. Пунктуация верна. Оборот в соответствии с п.1.3 Постановления Правительства РФ от 3 ноября 1994 г. N 1233 «Об утверждении положения о порядке обращения со служебной информацией ограниченного распространения в федеральных органах исполнительной власти и уполномоченном органе управления использованием атомной энергии» можно выделить запятыми. Объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".

2. Если слово так употребляется в значении "таким способом, такими словами", то пунктуация верна. Если так – вводное слово со значением "например", то после него ставится запятая.

Изначально гражданский брак – брак, оформленный в органах государственной власти без участия церкви (в противоположность церковному браку – бракосочетанию, заключенному в церкви в соответствии с религиозным обрядом). Иными словами, гражданским браком правильно называть союз мужчины и женщины, оформленный в установленном законом порядке – через органы ЗАГС (но без религиозного обряда).

Однако в современном русском языке сочетание гражданский брак получило новое значение (уже зафиксированное словарями): «не оформленный официально союз мужчины и женщины», т. е. оно выступает как синоним (своего рода эвфемизм) понятий фактический брак, сожительство.