Эти два лаконичных оборота употребляются в обиходной разговорной речи. С учетом стилистической принадлежности и следует говорить о свойствах выражений: они обозначают одно и то же событие и вряд ли могут быть истолкованы двояко или «неправильно».
Верны оба варианта, выбор зависит от задач автора текста. В первом случае речь идет только о Москве и ее границах, во втором сочетании подразумевается еще какой-то объект, который граничит с Москвой.
Если название используется с родовым словом (станция), то название не склоняется: на станции метро «Войковская», на станции «Войковская».
Над словарем работает Орфографическая комиссия Российской академии наук.
Правильно: на Неве, на реке Неве, в Москве, в городе Москве. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
В данном случае буквенное наращение уместно.