Да, кавычки нужны: кофе "три в одном".
Оборот в три часа можно выделить запятыми, если вы хотите придать ему характер уточнения (сегодня, а именно в три часа...). Если такого намерения нет, то запятые не нужны.
Корректно: три, и только три... Союз И употреблен в этом предложении в присоединительном значении.
При числительных два, три, четыре, двое, трое, четверо сказуемое обычно ставится в форме множественного числа: ...существуют три субрегиональные группы.
1. Правильно: три целых пять десятых процента. 2. Фраза некорректна.
Предпочтителен первый вариант: из контекста ясно, что определение относится к обоим существительным.
Фамилия Малина (и мужская, и женская) склоняется как соответствующее нарицательное существительное: Малина, Малины, Малине, Малину, Малиной, о Малине.
Чаще всего используют приветствие «доброе утро». Но и вариант «с добрым утром» не ошибочен. О формах с родительным падежом («доброго утра», «доброго дня») см. ответ на вопрос № 256612.
Корректно писать через запятую: по два, по три.