Запятая не требуется, поскольку обстоятельства ночью на лесном погосте относятся к обеим частям сложносочиненного предложения.
Общего правила на этот счет нет, желательно уточнять в первоисточнике.
Запятая здесь нужна: он знает, что ищет.
Из приведенных Вами вариантов предложений "не читается" только последний, все остальные возможны.
Это сочетание построено некорректно, рекомендуем его не употреблять.
Это сочетание является избыточным, поэтому его употребление нежелательно. Возможные варианты: на срок не более трех лет, на три года, на срок до трех лет.
Аббревиатура пишется прописными: ЕС.
Возможны оба способа записи. Подробные рекомендации можно найти в книге: А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова. Справочник издателя и автора. М., 2003.
Запятые не нужны. Нет оснований для их постановки.
Частица бы здесь не нужна: несмотря на то, что человека уже нет на этом свете, 60 лет со дня его рождения все равно исполнится (так же как исполнится и 100 лет со дня рождения, и 200 лет со дня рождения, и 500 лет со дня рождения). Частица бы употребляется, когда об ушедшем человеке говорят, что в этот день ему исполнилось бы 60 лет.
Верно: Это было около двух-трех миллионов лет назад.