Выделение оборота, начинающегося с согласно, не обязательно, однако возможно. Поэтому корректны такие варианты: 1. Нужно иметь в виду, что согласно Налоговому кодексу РФ суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам; 2. Нужно иметь в виду, что, согласно Налоговому кодексу РФ, суммы налога на добавленную стоимость, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), подлежат вычетам. 

1. Оба варианта возможны. 2. Правильно с наращением. 3. Запятая необязательна.

Единого ответа на все случаи употребления производного предлога согласно дать невозможно. Обстоятельственные обороты с производными предлогами могут обособляться или не обособляться в зависимости от разных условий. Так, они обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения, например (позволим себе немного перестроить исходное предложение): Начальнику...ФИО организовать, согласно плану, проведение работ. Здесь оборот с предлогом согласно близок к вводной конструкции, указывающей на источник информации.

В приведенном Вами примере сочетание находится в конце предложения. Такой порядок слов указывает на то, что важна не сама по себе организация проведения работ, а их организация согласно плану, то есть на обстоятельственный оборот падает логическое ударение. Значит, в данном случае запятая не нужна: Начальнику...ФИО организовать проведение работ согласно плану.

Вызывает сомнение наличие работ с одним и тем же названием в кавычках и без них, да еще и при полном совпадении всех выходных данных. Нам не удалось найти в Сети, в том числе в электронном каталоге РГБ, названные в вопросе книги. Если допустить существование таких названий при разных выходных данных, можно рекомендовать кавычки игнорировать как небуквенный знак и ориентироваться на другие данные. В Вашем примере предлагаем сначала дать название без кавычек, а потом в кавычках. 

Подобным образом решен вопрос о расположении статей с кавычками и без них в корпусе словаря В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011). Приведем в качестве примера характерный фрагмент:

Железная Балка (поселок)

Железная дивизия (о дивизии А. Деникина во время Первой мировой войны)

«железная леди» (о М. Тэтчер)

Железная Маска (легендарный персонаж)

При таком строе предложения запятая перед и нужна. Но лучше убрать союз. Еще лучше, на наш взгляд, поставить точку и оформить последнююю часть как самостоятельное предложение.

Существует множество пособий по культуре речи и практической стилистике. Вы можете найти их в книжных интернет-магазинах.