Да, запятую надо поставить.
Да, первое слово в официальном названии организации пишется с большой буквы (в данном случае это слово Центр).
Знаки препинания стоят правильно. Это предложение сложное, бессоюзное, состоит из трех частей. Двоеточие после первой части нужно, потому что далее раскрывается причина того, о чем говорится в начале предложения. Тире разделяет вторую и третью части: вторая указывает на следствие того, о чем говорится во второй.
Эти предложения одинаковы с точки зрения синтаксической структуры.
Эти слова следует писать с маленькой буквы.
Ошибка.
Так поставить знаки можно, хотя после личного местоимения тире обычно не ставят.
Верно: в зараженной акватории. Вариант с предлогом на, возможно, свойствен профессиональной речи.
Оба варианта правильны.
Правильно: нестроганый брус.