Запятая факультативна. Обстоятельственный член предложения, имеющий в своем составе производный предлог в связи, обособляется при необходимости смыслового выделения этого обстоятельственного оборота.
Какой из двух вариантов предпочтительнее — решать самому автору. Слово контроль многозначно (в чем нетрудно убедиться, если обратиться к материалам словарей, размещенных на нашем портале), тогда как отглагольное существительное контролирование отражает идею процессуальности, поэтому уместно в тексте, посвященном процессу.
Действительно, верно: Пермь – один из 12 российских городов... Числительное один образует словосочетание с существительным город.
В подобных контекстах сочетание в том числе не требует обособления, а кроме того, его употребление стилистически сомнительно. Подробнее см. в ответе на вопрос 313488, где разобран аналогичный случай.
Запятая уместна. Обороты со словами «начиная... и кончая (заканчивая)...» обычно обособляются.
Логическая связь между частями предложения не вполне ясна, поэтому мы не можем дать рекомендаций по пунктуации.
Оба варианта правильные.
Верен первый вариант: у составных порядковых числительных склоняется только последнее слово.
Грамматически все верно.
Кавычки не нужны.
