Корректно: На основании вышеизложенного прошу Вас сообщить, на баланс какой организации нам необходимо будет передать тепловые сети по завершении строительства.
Если ГУ означает государственное учреждение, то с точки зрения русского языка корректно: ГУ "Управление Пенсионного фонда..." (с кавычками). В этом случае склоняются только слова государственное учреждение, например: в государственном учреждении (или в ГУ) "Управление Пенсионного фонда..."
В функции предикатива обычно используется раздельное написание (так же, как и в случае написания "НЕ" с глаголами). Это (формально) краткое прилагательное.
Да, можно.
Корректно: На государственном, региональном и местном уровне.
Кавычки не нужны.
Словари фиксируют только слово высокодозный.
Слова "по большому счету" обычно не обособляются, хотя иногда могут употребляться как вводные с оттенком значения "собственно говоря".
Верно: в 10 процентах случаев.
Запятые не нужны: как инструкцию к действию = 'в качестве инструкции к действию'.