В этом предложении имеются ошибки в построении деепричастного оборота, порядка слов и т. п. Корректно: Не желая должным образом проводить исследования, подрядчик под видом проектов надлежащего качества изготовил проектно-сметную документацию без учёта ряда необходимых работ.

Рекомендуется выделить ряд поясняющих приложений с помощью парных тире: Данной лицензией разрешается использовать отходы, наименования и коды которых соответствуют классификатору отходов, — аккумуляторы с неслитым электролитом, аккумуляторы со слитым электролитом — в технологическом процессе в соответствии с техническим регламентом... Возможен также вариант с выделением скобками: Данной лицензией разрешается использовать отходы, наименования и коды которых соответствуют классификатору отходов (аккумуляторы с неслитым электролитом, аккумуляторы со слитым электролитом), в технологическом процессе в соответствии с техническим регламентом...

При оформлении высказывания как предложения с перечислительным рядом нужно заменить это на двоеточие: В моей семье существует традиция каждый Новый год готовить три обязательных блюда: оливье, крабовый салат и запечённую утку. Использование это необходимо, если высказывание оформлено в два самостоятельных предложения: В моей семье существует традиция каждый Новый год готовить три обязательных блюда. Это оливье, крабовый салат и запечённая утка.

Вы спрашиваете о синтаксическом разборе, поэтому аргументы из области того, что говорящий имеет в виду, недействительны. Говорящий своим ответом в самом деле сообщает о том, где кот, но делает это косвенным образом, полагая, что слушающий поймет: раз кот ест — значит, он на кухне у своей миски. Но это вывод слушающего из того, что сказано, и подменять собой члены предложения подобный вывод не может. Безусловно, ест — сказуемое.

Кстати, подобная экономия речевых усилий может быть и небезобидна. Если участники диалога находятся в некооперативных отношениях, то ответная реплика «Ест» может ввести собеседника в заблуждение: тот может подумать, что кот мирно ест из своей миски свой сухой корм, а на самом деле кот может доедать котлету, которую он утащил со сковородки собеседника (я с подобными разбойниками знаком, и о таких котах великолепно писал Паустовский). Последствия недоговоренности в таком случае могут быть весьма неприятны.

Корректно: Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 — подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон», расположенного в Гагаринском районе города Севастополя; Приказом установлена зона санитарной охраны скважины № 95 (подземного источника питьевого водоснабжения АО «Муссон»), расположенной в Гагаринском районе города Севастополя.