1. Верно: в городе Москве. 2. Верно: в г. Москве. Подробнее см. в «Письмовнике». 3. Правильно: эф.
Написание в рамках одного текста, конечно, должно быть единообразным. Но выбор варианта в данном случае — за автором. В неофициальном тексте у автора есть возможность писать в соответствии с орфографическими нормами: Государственная дума, Комитет Государственной думы по... При этом и в неофициальном тексте использование официальной формы написания (Государственная Дума, Комитет Государственной Думы по...) не запрещается, оно допустимо, если отвечает намерениям автора и характеру написанного.
Правильно: строчная буква. Прилагательное строчный используется в других значениях (напр.: строчные объявления).
Слово благодарность пишется строчными (написание строчными находим в том числе в названии официального документа: Указ Президента РФ от 11 апреля 2008 г. N 487 «О Почетной грамоте Президента Российской Федерации и благодарности Президента Российской Федерации»).
Буква ё обозначает два звука – [j] и [о]. О здесь – окончание, а j – суффикс (как и в других собирательных существительных этого типа: зверьё, вороньё, комарьё и т. д.). См. § 402 академической «Русской грамматики».
Запятая нужна.
Слово майя имеет два литературных произносительных варианта: ма[ййа], ма[йа].
Рекомендуем писать в кавычках с маленькой буквы: руна "кеназ".
Употребление косвенных падежных форм местоимений он, она, оно, они с начальным Н обязательно после большинства предлогов, факультативно после некоторых предлогов. Подробнее см. в «Письмовнике».