Перед нами - собственное название серии фильма. Это название должно быть написано с прописной буквы. С точки зрения правил оформления заглавий в русском языке, правильнее написать с точкой: "Пираты Карибского моря. Сундук мертвеца".

Вы спрашиваете о разных случаях. Сочетания ъе, ъё, ъю, ъя показывают, что перед гласным звуком нужно произносить звук [й]. В словах типа постирония, суперигра звук [й] перед первым гласным корня не произносится. После русских приставок на согласный (кроме меж- и сверх-) мы пишем в соответствии с произношением ы (разыграть, подыскать). В остальных случаях на письме сохраняется единообразный облик морфемы и пишется и (игра — суперигра).

В профессиональном употреблении появились своего рода неизменяемые слова-морфемы, вокруг которых группируются серии составных наименований. Основные из них: альфа- (-активность, волны), блок- (-карта, -сигнал, -форма), вакуум- (-аппарат, -камера, -процесс), дизель- (-генератор, -мотор), пресс- (-инструмент, -накат).

Из приведенного Вами примера не вполне ясно, где границы цитаты и что именно в цитируемом документе подверглось сокращению. Если имеется в виду цитата из "Заявления Третьей Сессии Крымского областного Совета народных депутатов...", то верная пунктуация такова: "Указанные акты, преступно обвинив в предательстве целые народы, юридически закрепив их депортацию, посеяли горькие зерна недоверия между людьми разных национальностей, повлекли нарушение их конституционных прав. <...> Имея целью восстановление исторической справедливости и государственности Крыма, Крымский областной Совет народных депутатов заявляет..."

Названия не нужно обособлять, пунктуация верна.

Вполне можно было бы ожидать появления этого слова в словарях из серии «Новое в русской лексике». Не думаем, что есть какие-то особые причины невключения в словари именно этого слова. Просто новых слов много, а людей, которые составляют словари, мало.

Оба словаря достойны самого пристального читательского внимания, в чем лишний раз убеждает Ваше наблюдение. М. М. Пришвин пишет в повести «Серая сова»: «У бобров были характеры если не сложные, то очень противоречивые, с резко выраженными индивидуальными особенностями». Предполагаем, что в случае с вариантами бобр и бобер могут себя обнаруживать еще и действительные, природные предпосылки.

Слова обнимашки, целовашки склоняются: обнимашек, целовашек (ср. вкусняшка – вкусняшек). Пожелать кому-либо много обнимашек можно, грамматической ошибки здесь нет, но надо иметь в виду, что эти словечки – обнимашки, целовашки, из той же серии ванильки, мимими (лингвист Максим Кронгауз называет эти языковые явления «новой сентиментальностью», пришедшей на смену «аффтарам» и «падонкам») нравятся далеко не всем, а некоторых носителей языка уже начинают раздражать.

Корректно: Наша компания осуществляет лицензированный вывоз отходов I, III, IV классов опасности. Деятельность по сбору, транспортированию, обработке, утилизации, обезвреживанию, размещению отходов I–IV классов опасности подлежит лицензированию согласно Федеральному закону № 99-ФЗ "О лицензировании отдельных видов деятельности". Компания "Золушка" осуществляет деятельность на основании лицензии, выданной Федеральной службой по надзору в сфере природопользования: серия 78 № 00139 от 05 февраля 2016 г. (бессрочно).