Эти слова синонимами не являются. Мерин – это кастрированный конь. То есть слово конь обозначает некий класс предметов, а слово мерин – элемент этого класса. Слова, значения которых соотносятся таким образом, в лингвистике называют гиперонимами и гипонимами соответственно. Другие примеры: дерево и береза, птица и воробей. 

Да, это тоже согласование: зависимое слово уподобляется в выражении грамматических значений главному слову, т. е. принимает форму того же числа и падежа (пятого класса, о пятом классе, пятых классов). Заметим, что в научной грамматике (в отличие от школьной) нет понятия 'порядковые числительные'; такие слова, как первый, второй, пятый, сотый, согласно научной грамматике – счетно-порядковые прилагательные.

Суффикс -ова- для этого формообразовательного класса глагола является формообразующим суффиксом основы прошедшего времени и инфинитива, ср.: образова-л-а, образова-ть (ср. с основой настоящего / будущего простого времени образу[j-ут], включающей формообразующий суффикс -у[j]).

Подробнее о модификациях глагольной основы см. справочник Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников», размещенный на нашем портале.

Разница в семантике глаголов. Пойти = начать идти. Пообедать = закончить обедать. Таким образом, можно образовать побудительные предложения с глаголами в форме мн.ч. прошедшего времени, если эти глаголы обозначают начало какого-то совместного действия (Поехали! Начали! Приступили!). Но при этом в ед. ч. возможны и конструкции с другим - приказным - значением: Встал и вышел из класса! Быстро пообедал и вернулся!

Приложение — это определение, выраженное существительным и связанное с определяемым словом либо согласованием (согласованные приложения), либо примыканием (несогласованные приложения). Бывают другие виды неслогласованных определений, которые не являются приложениями (кофе какой? с молоком). В предложении Я посмотрел мультфильм «Смешарики» есть несогласованное приложение «Смешарики». Обычно эта тема включается в программу по русскому языку 8-го класса.

В языке существует явление, называемое метонимией: так называется троп, или механизм речи, состоящий в переносе названия с одного класса объектов или единичного объекта на другой класс или отдельный предмет, ассоциируемый с данным по смежности, сопредельности, принадлежности, партитивности или иному виду контакта.

В силу метонимического переноса телефон (аппарат) для сотовой связи может быть назван сотовым, а связь при помощи мобильных аппаратов - мобильной. 

Мы согласны, что любой из приведенных Вами вопросов гораздо уместнее в этом случае, чем вопрос куда?. На наш взгляд, у слов на зиму скорее обстоятельственное значение (а не определительное), поэтому следует задавать вопрос от глагола: делает запасы (то есть запасается) на какое время? с какой целью? – на зиму. Тогда это обстоятельство времени с дополнительным значением цели.

По программе третьего класса, возможно, на зиму рассматривается как дополнение.

Лучше расположить в таком порядке: командир отделения капитан И. И. Иванов.

Воинские звания, стоящие непосредственно перед фамилией, не являются однородными по отношению к предшествующим приложениям: командир соединения капитан 2-го ранга Е. Л. Леонов; профессор, доктор технических наук генерал-майор С. Г. Сорокин; Герой России, лётчик-испытатель 1-го класса, кандидат технических наук полковник Н. Н. Иванов.

Но: полковник медицинской службы, член-корреспондент АМН, профессор И. П. Петров — распространенное приложение, обозначающее воинское звание, не стоит непосредственно перед фамилией.

Учитель прав. Здравствуй(те) и извини(те) могут быть междометиями (см. ресурс «Проверка слова») и формами повелительного наклонения глаголов здравствовать и извинить (здравствуйте долгие годы, извините меня).

Строго говоря, при такой формулировке задания, которую приводите Вы, выписывать эти слова было не нужно, т. к. в словаре слова даются в своей начальной форме (для глаголов это форма инфинитива: здравствовать и извинить). Раз в словаре даны формы здравствуй и извините, следовательно это междометия. Но знание таких тонкостей вряд ли можно требовать от учеников 4-го класса.