Из ответа на конкретный вопрос никак не следует то, что в нем не обсуждалось.

Если слово совсем используется в качестве наречия и означает "вполне", "очень", "действительно", то корректно слитное написание. Раздельно "со всем" пишется в случаях, когда "со" является предлогом, а "всем" — местоимением. Например: "Он согласился со всем". 

В предложении "Командир, не хочу вам мешать, но позвольте я кое-что скажу?" слово "позвольте" не нуждается в обособлении.  

Оба варианта верны.

Верно: Мы, жители деревни (название), обращаемся к вам с просьбой рассмотреть возможность продления маршрутного такси № 23 до деревни (название) на регулярной основе.

Возможны оба варианта, но в документах чаще используется более официальное в этом значении слово исполнение.

Да, запятая нужна.

Правильно: в 1994 и 2004 годах (гг.), в период 2000–2002 гг.

Это предложения разговорной речи. Д. Э. Розенталь писал, что при пунктуационном оформлении текстов разговорной речи возникают различные трудности. «В некоторых случаях представляется возможным находить какие-то соотношения между конструкциями разговорной речи и конструкциями речи книжной (кодифицированного литературного языка), проводить аналогию между теми и другими; иногда такое сопоставление невозможно и приходится искать особые критерии для решения вопроса о знаках препинания в текстах разговорной речи. Чаще всего пишущие опираются на интонацию». Он приводит такие близкие к Вашему примеры: 

А кино, что, сегодня не будет? — А кино, что? сегодня не будет?

Еще Д. Э. Розенталь писал о том, что запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, например: Что, если я кликну клич? (Т.) («что будет, если…»); А что, если он прячется в глубине лесов? (Каз.); Что, если в самом деле он [городничий] потащит меня в тюрьму? (Г.); Что, ему лет двадцать пять, не больше? (Л.Т.), и что в некоторых подобных случаях возможны пунктуационные варианты в зависимости от значения, которое вкладывается в местоименное слово, ср.:

Ты что же не идёшь с нами? («почему»). — Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же).

Полагаем, что и в Вашем примере возможны интонационные варианты, следовательно и варианты пунктуационного оформления.

1. Предложенная Вами замена возможна. 2. Это обстоятельства времени (можно заменить словом "никогда").