Строго говоря, употребление сокращения г. (равно как и полного слова город) перед названиями любых городов (кроме малоизвестных наименований или образованных от фамилий – г. Киров) – примета канцелярско-бюрократического языка. Вполне можно обойтись без слова город и писать в Санкт-Петербурге, в Москве, в Минске, а не в г. Санкт-Петербурге, в г. Москве, в г. Минске.

Это подтверждают и справочники. В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой указано, что «сокращение г. (город), как и полное слово, рекомендуется употреблять ограниченно, главным образом перед названиями городов, образованными от фамилий (г. Киров)».

На наш взгляд, нет совершенно никаких оснований снижать за это оценку. В русской языковой картине мира помидор и баклажан, безусловно, овощи. В сочинении на ЕГЭ по русскому языку вряд ли проверяется знание строгой ботанической терминологии. 

Отсутствие фразеологизма в словарях или его иностранное происхождение не означает, что к нему неприменимы пунктуационные правила. Приведенная Вами фраза, безусловно, фразеологизм, поэтому обе запятые перед что не нужны.

Запятая стоит верно. Она нужна, чтобы отделить придаточное предложение.

Короткий ответ на Ваш вопрос примерно таков. Буква э неслучайно появилась в русской кириллице только в эпоху Петра I — до этого времени в ней не было необходимости, так как звук этот (без сочетания с предшествующим [й], как в словах типа ель, поешь и т. п.) в исконно русских словах не встречался вовсе. Именно в эпоху массового заимствования русским языком слов из языков западноевропейских эта буква и понадобилась — и стала несомненным маркером заимствований. Против введения ее в алфавит яростно протестовал М. В. Ломоносов, писавший: "...ежели для иностранных выговоров вымышлять новые буквы, то будет наша азбука с китайскую". Последовательным сторонником использования буквы э в современном русском письме был Л. В. Щерба, который, однако, замечал: "Единственным оправданием правописания е вместо э в нарицательных заимствованных словах является постоянно протекающий процесс русификации этих слов. По мере их словарного освоения происходит и русификация их произношения, что, конечно, происходит чаще". Иначе говоря, произношение заимствованных слов со временем меняется. Теперь нормативно произношение слов типа музей, пионер, крем и т. п. с мягким согласным вместо изначального твердого. А периодически менять орфографию подобных заимствований было бы не слишком удобно. 

Здесь правильно: ни мотивируй.

Указанная запятая нужна.

Но не вполне ясно, зачем использовать соотносительное слово (за то) перед вторым придаточным, если перед первым придаточным его нет. Также вызывает вопросы разный род сказуемых (помогла и позволил).

Пунктуационно верно: Недостатком представленной ими работы является то, что они рассмотрели очень ограниченное число доводов, что не соответствует поставленной проблематике, в которой они позиционируют себя как эксперты.