Запятые в скобках не нужны.

Корректно: Каждый из нас хоть раз в жизни задумывался: «Хороший ли я человек, чиста ли моя совесть?»

Ваши коллеги не вполне правы. Глагол пойти в конструкции пойду и (сделаю что-либо) имеет значение "приступить к действию, обозначенному вторым глаголом". Такие конструкции широко распространены в разговорной речи. Например: Вот пойду и мультики смотреть буду! А идти никуда не могу — тетя Диана так за меня боится… [Леонид Каганов. Танкетка (2011)]; И грозил со слезою в голосе: — Вот пойду и застрелюсь [В. Г. Галактионова. Спящие от печали (2010)]; Однажды на репетиции Завадский... вскочил и с криком «Пойду и повешусь!» выбежал из зрительного зала [Алексей Щеглов. Фаина Раневская: вся жизнь (2003)]. Очевидно, Ваши коллеги решили, что в произнесенной Вами фразе соседствуют два глагола движения (пойти и поехать), отчего она и действительно выглядит неловкой. Однако подчеркнем, что грамматически такая конструкция вполне закономерна. 

На обыденном уровне в таких перечислениях прочитывается логическое «или», ведь реконструкция — более серьезное «вмешательство», нежели капитальный, а тем более текущий ремонт. Если бы устранение физического износа зданий и сооружений могло выполняться только путем реконструкции, то зачем упоминать в тексте какие-либо виды ремонта?

Конечно, доля двусмысленности здесь есть, избавиться от нее можно с помощью повторяющегося разделительного союза: ...устранение физического износа зданий, сооружений выполняется путём либо текущих ремонтов, либо капитальных ремонтов, либо реконструкции.

Опираясь на многочисленные примеры из художественных текстов, можно утверждать, что в конструкциях, начинающихся частицей «только и» и содержащих союз «что», перед союзом последовательно ставится запятая. Да, в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» указано: запятая не ставится перед союзом что в выражении только и… что, за которым следует существительное или местоимение: Только и денег что пятак в кармане; Только и всего что рубашка на теле; Только и развлечений что кино раз в неделю; Только и свету что в окошке; Только и разговоров что о них двоих. Однако примеры из художественной литературы опровергают эту рекомендацию, они свидетельствуют о том, что и в этих случаях перед союзом ставится запятая: Только и света, что внучки! А кто их знает, какие они будут? И. Гончаров, Обрыв. За многочисленными столиками гул стоял, только и разговоров, что о последних событиях в столице. В. Шишков, Емельян Пугачев. Так что запятую в подобных конструкциях предпочтительно ставить.

Перенос ударения на предлог с последующего существительного корректен.

Если во второй части сложного бессоюзного предложения раскрывается, поясняется то, о чем говорится в первой части, то между частями ставится двоеточие. На практике вместо двоеточия часто пишут тире, это допустимо.

Верно: (откуда?) с Украины.

Использование или неиспользование скобок при этих идентичных по функции сочетаниях диктуется их грамматическими особенностями. Сочетание именуемый далее Заказчик грамматически связано с базовой частью предложения — представляет собой согласованное определение к имени, частью конструкции NN, именуемый далее Заказчик (согласование — синтаксическая связь, при которой зависимое слово уподобляется главному в его морфологических признаках). Сочетание далее — Договор представляет собой неполное предложение, восстанавливаемое как Далее он именуется/называется Договор (наречие далее здесь обстоятельственный детерминант), оно употребляется внутри конструкций типа заключили настоящий Договор на оказание услуг (далее — Договор) о нижеследующем и грамматически не связано (ни падежными формами, ни как-либо еще) с базовой частью предложения.