Словари современного русского литературного языка по-прежнему фиксируют Алма-Ата. Вариант Алматы употребляется в Казахстане. Ситуация аналогична распределению вариантов Таллин – Таллинн: в русском языке сохраняется первый вариант, но в эстонских СМИ, выходящих на русском языке, используется написание Таллинн. Обычно в стремлении сохранить в русском языке традиционные варианты Алма-Ата, Таллин и др. многие хотят увидеть политический подтекст, но его нет. Просто орфография всегда очень консервативна, и в облике многих слов (далеко не только имен собственных) сохраняются следы давно ушедших эпох.

Вначале давайте уточним: речь идет не о грамматических реформах (грамматику невозможно реформировать), а о реформах азбуки и правописания. Точнее, об одной реформе – 1917–18 гг., которая была единственной реформой русского правописания, направленной на совершенствование его правил. Упорядочение русской орфографии и пунктуации, проведенное в 1956 году, не было реформой правописания: оно не затронуло его основ. В 1956 году были утверждены «Правила русской орфографии и пунктуации» – это первый в истории русского правописания свод четко сформулированных и научно обоснованных правил. Это свод официально действует и сегодня.

Все произведения русских классиков после 1956 года издаются в соответствии с действующими правилами правописания. В изданиях, увидевших свет до 1956 года, можно встретить написания чорт, итти и др. Но в ряде случаев и в книгах, вышедших после 1956 года, встречаются написания, не соответствующие орфографической норме современного русского языка, – если требуется сохранение орфографических особенностей культурного памятника. Например, в произведениях Гоголя в художественных целях употребляются многие украинские слова – и козак (русское – казак), и мн. др.: писатель стремился ярко и колоритно передать дух народа и эпохи. Такие написания, разумеется, сохраняются и в современных изданиях.

Во-первых, вопрос о выделении корня может по-разному решаться при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем мы язык одной определенной эпохи или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным — и при этом во всех случаях правильным.

При синхроническом словообразовательном анализе, результаты которого отражает «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова, в слове защита выделяется корень защит-, так как в современном языке семантические связи с корнем -щит- у этого слова утрачены.

При диахроническом словообразовательном анализе в глаголе защитить и в производном от него существительном защита выделяется корень -щит- (см., например, «Этимологический словарь» М. Фасмера).

При собственно морфемном анализе в слове защита тоже выделяется корень -щит- (см . «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

Чтобы понимать, какой тип анализа представлен в том или ином словаре, перед его использованием необходимо внимательно ознакомиться с предисловием. 

Согласно словарю «Прописная или строчная?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова) в названиях исторических эпох и событий, календарных периодов и праздников, а также политических и других мероприятий, имеющих международное значение, с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена, входящие в название. В орфографическом словаре зафиксировано написание слова холокост со строчной. Поэтому в названии памятной даты корректно писать холокост со строчной.

Что касается написания некоторых праздников и исторических событий, то по традиции в названии пишется с прописной не только первое слово, например: День Победы (такое написание зафиксировано в словаре).

Употребление прописных и строчных букв в названиях войн в целом подчиняется правилу о названиях исторических эпох и событий, календарных периодов и праздников, общественных мероприятий.

Отдельные написания являются словарными. Так, орфографический словарь В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011) рекомендует написание «опиумные войны». Рекомендация, по-видимому, обусловлена тем, что название не типично, оно воспринимается как не вполне название, скорее описательный оборот, используемый в функции названия. Ср. типичные названия для войн: Италь­янские войны, Балканские войны, Альбигойские войны, Гуситские войны, Наполеоновские войны, Пунические войны, Греко-персидские войны.

Запятая не ставится.

Запятая поставлена правильно. Она стоит между частями сложного предложения.

Форма извиняюсь - разговорно-просторечная. Вот как писал о слове извиняюсь известный русский лингвист А. Селищев: «Со времени войны (1914 г.) в России вошел в широкое употребление словеcный знак вежливости-извинения "извиняюсь" (извиняюс). По основе и по форме это образование употреблялось и раньше. "Опять тысячу раз извиняюсь, что сбиваюсь с прямой дороги в сторону" - писал Гончаров. "Извиняюсь, что не ответил никому до сих пор" - в "Дневнике писателя" Достоевского. Отличие от теперешнего извиняюсь заключалось в том, что извиняюсь в речи Гончарова, Достоевского и других находилось в сочетании с другими словами в предложении и имело обычное реальное значение, - значение выражения извинения, искреннего, иногда глубокого раскаяния, что подчеркивалось словами "1000 раз" и т. п. Посредством этой формы извиняется и взволнованный чеховский дядя Ваня. "Ну, ну, моя радость, простите... Извиняюсь (целует руку)". Совсем не по своему реальному и формальному значению теперешнее извиняюсь: оно употребляется отрывочно, вне сочетания с другими словами, служит формальным словесным знаком, произносимым при определенных обстоятельствах, - знаком, мало соответствующим этим обстоятельствам: полного значения просьбы здесь не выражается» (А. Селищев. Язык революционной эпохи. 1928). Написано давно, а актуально до сих пор.
В современных толковых словарях форма извиняюсь также дана с пометой разг. (разговорное).
Правильно извини, извините, слово извиняюсь полного значения просьбы не выражает. Извиняюсь – это как «товарищ коллежский асессор».

Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с прописной буквы, если они являются частью составных наименований — географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов.

В остальных случаях они пишутся со строчной буквы.

Ср., напр.: невские берега, невские набережные и Александр Невский, Невский проспект, Невская битва; донское казачество и Дмитрий Донской, Донской монастырь; московские улицы, кварталы, московский образ жизни и Московская область, Московский вокзал (в Петербурге), Московская государственная консерватория; казанские достопримечательности и Казанский кремль, Казанский университет, Казанский собор (в Петербурге, Москве); северокавказская природа и Северо-Кавказский регион, Северо-Кавказский военный округ; 1-й Белорусский фронт, Потсдамская конференция, Санкт-Петербургский монетный двор, Великая Китайская стена, Большой Кремлёвский дворец.

Запятая нужна. Союз и в данном случае присоединительный: Пора действовать, и (при этом) действовать сообща.