По правилам в наименованиях с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Правильно: корабль «Черная жемчужина», шхуна «Полярная звезда».

Это прямая речь: На заборе было написано: «Выхода нет»; На открытке написано: «Я думаю о тебе...».

Нарицательное существительное примадонна в значении «певица, исполняющая главные партии в опере или оперетте», конечно, пишется строчными. Но если речь идет об ответе на вопрос № 223668, то в нем имелось в виду не нарицательное существительное, а собственное имя — неофициальное именование (прозвище) А. Б. Пугачевой.  В этом случае корректно написание с прописной по общему правилу для личных имен, фамилий, прозвищ, псевдонимов и др.

Правильно со строчной: акция «Чистая республика»; очистим республику от мусора. Слово республика пишется с прописной в составе официального названия государства.

Первая часть ретро- пишется со словами слитно, однако в данном случае вторая часть начинается с прописной буквы, а потому верно с дефисом: ретро-Москва. См. правила координации. 

Если это прилагательное — часть официального названия конференции, то оно пишется с прописной (заглавной) буквы: XVI Межрегиональной конференции. Если слово использовано в описательном значении, то первая буква в нем должна быть строчной.

Местоимения вы, ваш в качестве вежливого обращения — даже к одному лицу — не в каждой ситуации уместно начинать с прописной буквы. Подробно об этом см. «Письмовник».

Да, если в каком-либо произведении действует такой персонаж и автор относит его к именам собственным, он вправе написать имя персонажа с прописной: птица Феникс.

Правильно: мамы-Верин халат, дяди-Лёшин портфель.

С прописной буквы пишется вторая часть сложных прилагательных типа дяди-Васин, дяди-Стёпин, тёти-Валин, бабы-Дусин и обе части прилагательных типа Иван-Иванычев, Анны-Петровнин. См. параграф 166 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

Как раз эти прилагательные пишутся с прописной буквы: Петин альбом, Катина книга; они образованы от личных имен при помощи суффикса -ин. Их следует отличать от прилагательных, образованных при помощи суффикса -ск-, которые действительно пишутся со строчной, например: пушкинская лирика, пришвинская проза. См. параграфы 166 и 167 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина