Пунктуация зависит от смысла и интонации. Если имеется в виду "уже два года", то верно: Да, уж два года. Если имеется в виду "Ну да, два года", то верно: Да уж, два года.
Само по себе это выражение не требует постановки знаков препинания. Пунктуация в конкретных случаях зависит от строя предложения
Возможны оба варианта: года и годы.
Корректно: будущего, 2009 года.
Мы не выполняем домашние задания.
Корректно: дома подпадают под реновацию. Глагол подпадать более уместен в официальных формулировках и юридических контекстах.
Тмезис (тмеза) обсуждается как фигура речи или как словообразовательный прием. Графическое оформление созданного произведения может быть вариантным (например, с дефисами или скобками, а в ряде случаев без них). Выбор знаков — возможность и право автора в прозрачном или не очень виде показать новшество читателям.
Первый вариант некорректен, второй верен. Обратите внимание, что вместо дефиса должно стоять тире: К концу 2016 — началу 2017 года.