Слово значит нужно отделить запятой. А вот порядок слов может быть свободным; в разговорной речи возможно: Начинай, значит, учиться; начинай учиться, значит.

Правильно в названии: Почетная грамота Президента Российской Федерации. В свободных сочетаниях правильно написание строчными: высокую оценку президента получили, президент отметил грамотой, по словам президента...

Противоречия нет. В строгой деловой письменной речи звуковые аббревиатуры, заканчивающиеся на согласный, не склоняются, в других текстах, в том числе в более свободных жанрах деловой речи (например, в деловой переписке), — склоняются. 

Правильно: со временем в знач. 'в будущем' (устойчивое сочетание), например: со временем всё образуется. В свободных сочетаниях возможно: с временем и со временем, например: связь с временем и связь со временем.

Заявление, в отличие от некоторых других документов (например, паспорта, водительского удостоверения) составляется в свободной форме. Существуют рекомендации по оформлению, однако абсолютно жесткими они никогда не были и не являются таковыми сейчас.

См.: Как писать заявление?

Как правило, уточняющие члены предложения выделяются запятыми. Для случаев вариативного употребления запятой и тире можно привести следующие примеры: Оставалось несколько свободных вакансий, а точнее (–,) пять. На площадку классного вагона вышел человек в черной – до ворота застегнутой – гимнастерке.

Строгих правил нет, используют свободные формулировки"настоящее имя — такой-то" или "псевдоним такого-то". Это указание обычно заключают в скобки. Ваш пример можно оформить, например, так: Евгений Петрович Петров (настоящая фамилия — Катаев; 1902—1942) — советский писатель, драматург, журналист, военный корреспондент.

Слитно пишутся термины, раздельно — свободные сочетания наречий с прилагательными и причастиями, ср.: вечнозеленый, вечномерзлый, вечноцветущий, вечноснежный (термины), но: вечно сомневающийся в себе, вечно молящий о прощении, вечно цветущий не вовремя, вечно зеленый и дрожащий от холода и голода.