С прописной буквы пишется первое слово официального названия предприятия, учреждения и входящие в состав названия имена собственные. Корректно: региональное управление ФМС, воронежское управление ГИБДД (неофициальные названия), но: Управление Федеральной миграционной службы по Московской области, Управление ГИБДД ГУ МВД России по Воронежской области (официальные названия).

Правилен второй вариант. Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы. Ср. с примером из справочника Д. Э. Розенталя  «Современный русский язык. Пунктуация» (М., 2002):

— Скорей, загорелась школа!  — И он побежал по домам будить людей.

А какие здесь могут быть основания для написания слова уважение с большой буквы? Нарицательные существительные пишутся с прописной буквы только в контекстах, где им придается особый высокий смысл, при этом речь может идти лишь о таких словах, как Человек, Родина, Отечество, Победа и им подобных.

Что именно требует пояснения? Перед нами сочетание определяемого слова и приложения, вступающих в гипо-гиперонимические отношения (ср.: дерево береза, кофе эспрессо, день недели понедельник и т.д.). Оснований для использования прописной буквы нет. Основания для постановки кавычек - шаткие (кроме как традицией больше нечем объяснить).

Слова сейм  и сенат, входящие в составное наименование, пишутся со строчной буквы (Польский сейм, Польский сенат). С прописной буквы пишется первое (или единственное) слово усеченного названия, если оно употребляется вместо полного. Поэтому правильно: Польский сенат призвал Сейм сделать 11 июля Национальным днем памяти жертв геноцида.

Правильно: нефрологическое отделение для детей Климовской городской больницы № 1 (но с родовым словом: нефрологическое отделение для детей МБЛПУ «Климовская городская больница № 1»).

Владимирская – первое слово официального названия организации? Если да, то оно должно быть написано с прописной: Владимирская областная общественная организация «Ассоциация родителей детей-инвалидов "Свет"».

Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с прописной буквы, если они являются частью составных географических и административно-территориальных названий, наименований исторических событий, учреждений, памятников и т. п. В остальных случаях они пишутся со строчной. Ср.: Самарская область, Самарский государственный университет, но: самарские улицы, самарские достопримечательности.

Названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы, напр.: мэр, директор, руководитель департамента. В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы, напр.: Президент Российской Федерации, Премьер-министр Индии. Однако в неофициальных текстах эти названия пишутся со строчной буквы, напр.: выборы президента.