«Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской указывает: от имен, оканчивающихся на ударные гласные, отчества образуются путем присоединения суффиксов -евич, -евна к полной форме имени. Отчества от имени Муса́ – Мусаевич, Мусаевна.
Если заведующий один и у него много заместителей, то правильно: заместители заведующего. Если заведующие разные, то корректно: заместители заведующих.
Правильно с родительным падежом: не допускать выключения.
Запятая перед как нужна.
Форма именительного падежа мн. числа – протоколы.
Оба глагола можно использовать.
Возможны оба варианта.
Правильная форма родительного падежа: Багам.
Верное ударение во всех значениях: заключЁнный.
Если при фамилии имеются два мужских имени, то она ставится в форме множественного числа: Павел и Дмитрий Стельмахи.