Да, эти слова являются однокоренными.
Толерантность – 1) (биол., мед.) полное или частичное отсутствие иммунологической реактивности, т. е. потеря (или снижение) организмом животного или человека способности к выработке антител в ответ на антигенное раздражение; 2) (мед.) способность организма переносить неблагоприятное воздействие какого-либо вещества или яда; 3) терпимость, снисходительность к кому-, чему-либо.
См. ответ № 197177.
Конечно, можно при желании образовать форму множественного числа. Но в каком контексте Вы планируете употребить эту форму?
Оба слова пишутся слитно.
Возможны оба варианта, но чаще употребляется двухстадийный.
Современная практика письма показывает, что слова железнодорожники, армейцы, переносное значение которых уже стало привычным, пишутся чаще без кавычек, т. к. из контекста (а это, как правило, статьи на спортивную тематику) обычно понятно, что имеется в виду. Поэтому можно рекомендовать написание без кавычек, если у читателя текста не возникнет сомнений, что имеются в виду именно игроки «Локомотива» и ЦСКА. В противном случае (если эти слова употребляются не в тексте статьи на спортивную тематику, т. е. среди потенциальных читателей могут быть люди, не интересующиеся спортом) предпочтительно писать в кавычках.
Что касается таких слов, как аристократы, канониры, горожане и пр., переносное значение которых не столь привычно и не сразу может быть понятно даже читателям, интересующимся спортом, то их лучше писать в кавычках.