Запятая нужна. Д. Э. Розенталь рекомендовал отделять слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза), ср.: Что, если я кликну клич? (Т.) («что будет, если…»); А что, если он прячется в глубине лесов? (Каз.); Что, если в самом деле он [городничий] потащит меня в тюрьму? (Г.). 

Эти слова различаются по значению. Рыбий – 1) принадлежащий рыбе: рыбья чешуя, рыбий хвост, рыбий жир (жидкий жир из печени тресковых рыб); 2) бесстрастный, холодный ('как у рыбы'): рыбьи глаза, рыбья натура (холодная натура). Рыбный – 1) относящийся к рыбе, связанный с ней: рыбный запах, рыбная промышленность; 2) приготовленный из рыбы, с рыбой: рыбный суп, рыбные котлеты, рыбные пироги; 3) богатый рыбой: рыбные места.

Сочетание по крайней мере в значении «самое меньшее», «минимум», «хотя бы» (как в приведенном примере) не выделяется запятыми. Вместе с тем сочетание по крайней мере за то можно выделить как присоединительную конструкцию, если на слове простить автор хочет поставить логическое ударение: ...мы обязаны его простить, по крайней мере за то, что он был гением.

Корректно: пользоваться будильником на телефоне, скачать музыку на телефон, читать книги на телефоне (или с телефона). Предлоги в и на в русском языке часто конкурируют, но, как правило, предлог в связан с представлением о замкнутом пространстве. Поэтому во многих случаях возможны варианты: на телефоне (как на платформе, с помощью которой совершаются определенные действия, или на экране, на поверхности) и в телефоне (подчеркивается внутреннее устройство, «начинка» аппарата).

1. Арбат нужно писать без кавычек, даже если это это не официальное название части улицы.

2. По аналогии: болезнь Дауна - даун; болезнь Стилла - стилл.

Если перед простым подчинительным союзом стоят усилительно-ограничительные слова (частицы, союзы или их сочетания, вводные слова) особенно, даже, в частности, в том числе,  в особенности, а именно, а также, а (но) только, как раз, лишь, исключительно, только и др., то запятая ставится перед ними, а не перед союзом.

Верная пунктуация: Перпендикуляр может быть задан, только когда треугольник повернут боком к нам.

Надо поставить еще две запятые – после слова проверить в первом предложении и после слова требованиям во втором.

Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

Раздельное написание в дали в приведенном примере не является ошибкой.

В подобных случаях и — частица. Подробнее см. значения в толковом словаре. Поэтому запятая между и и словами да, нет не ставится.