Прежде всего надо отдавать себе отчет в том, что служебный быть (иначе — формальная связка) лишен лексического значения существования и выражает исключительно грамматическое значение составного или сложного сказуемого. На него не может падать фразовое ударение.

Знаменательный же быть легко принимает на себя такое ударение (У тебя еще есть время? — Да, время у меня есть). Поскольку он имеет полноценное лексическое значение, у него есть синонимы: найдется, имеется, существует и др. В разных контекстах одни синонимы могут быть более приемлемыми, другие — менее, но принципиально важна сама возможность такой замены (У меня еще имеется некоторое время), в то время как формальная связка быть никаким подобным синонимом заменена быть не может:

Маша была красавица — *Маша нашлась (имеется, существует...) красавица...

Очень хорош известный пример из фильма «ДМБ»: — Видишь суслика? — Не вижу. — И я не вижу. А он — есть…

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал. 

Секретарша - разговорный синоним к слову секретарь. Значение "жена секретаря" у этого слова в словарях не отмечается.

На наш взгляд, лучше отредактировать предложение: Наша компания (ИМЯ) занимается изготовлением электронных табло с 2000 года и успела заработать хорошую репутацию, доказательство тому - растущее количество постоянных заказчиков.

Обратитесь к информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря» и книге Е. В. Бешенковой и О. Е. Ивановой «Аспектное описание русской орфографии. Очерки теории. Правила. Словарь», § 18. 

Согласно орфографическому словарю, в подобных случаях следует писать раздельно: При чем тут радуга?

В данном случае предлог уместен.

Управление в русском языке

Исследователи полагают, что, записывая количественное числительное цифрой с буквенным наращением, авторы стремятся помочь адресату в правильном прочтении падежной формы. Это небезосновательно: склонение количественных числительных в русском языке не имеет единого образца и представлено несколькими типами. Как показывают наблюдения, такие нерегламентированные способы записи числительных встречаются не только в современных, но и в более ранних текстах. «Бороться» с подобным нарушением графической нормы можно, пожалуй, только личным примером.

Слово ресепшен (как это часто бывает с заимствованными словами) не сразу получило «прописку» в языке в виде словарной фиксации. Например, в 1-м (1999) и 2-м (2005) издании «Русского орфографического словаря» РАН этого слова не было вовсе. В материалах ответственного редактора словаря В. В. Лопатина оно сначала появилось именно в таком виде, в каком было включено в электронную версию словаря на нашем портале (как разговорное, в стилистически нейтральных контекстах предлагалось употреблять рецепция), но в 4-е издание (2012) ресепшен вошло уже без всяких помет. Поэтому сейчас в этом значении употребляется именно ресепшен, а вот рецепция как 'стойка администратора' не прижилась. 

Словарная фиксация в орфографическом словаре на нашем портале изменена и приведена в соответствие фиксации в 4-м издании «Русского орфографического словаря».

«Словарь русского капиталистического жаргона начала XXI века» В. С. Елистратова (М., 2013) дает такое определение жаргонному глаголу пушить: 'оказывать давление с какой-либо целью, стараться склонить к чему-либо, заставить сделать что-либо, а также прорабатывать, отчитывать' (от англ. to push в близких значениях). Но в приведенном Вами контексте вполне возможна замена такими словами: буду ее решать, вплотную займусь ею.