Не вполне понятно, что Вас смущает: Дуб — дерево. Роза — цветок. Олень — животное. Воробей — птица. Россия — наше отечество. С — скорость.
В таких случаях необходимо тире с пробелами при любом количестве слов в названиях сторон. Это тире в функции соединения: саммит «Россия — ЕС», конференция «Китай — Центральная Азия».
Эта фамилия склоняется так же, как имя Мария или название Россия: Еремии, Еремии, Еремию, Еремией, о Еремии. Если в именительном падеже ударение падает на -я, тогда в дательном и предложном падежах окончание -е: Еремие.
Возможна постановка тире вместо запятой.
Запятая перед как не требуется. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
См. исследование академика О. Н. Трубачева «К истокам Руси».
Слово страна здесь совершенно лишнее: столица России. Если по каким-то причинам его всё-таки необходимо употребить, название склоняется: столица страны России.
Согласно Конституции Российской Федерации у нашей страны есть два равнозначных наименования – Российская Федерация и Россия. Сокращение РФ официальным названием страны не является, хотя широко употребляется в официально-деловой речи, в документах. Это не ошибка, скорее – характерный признак именно канцелярско-бюрократического языка.
Если название организации заключается в кавычки, то кавычки сохраняются и в том случае, если название оказывается внутри прямой речи (предпочтительно при этом использовать кавычки разного рисунка). Например: «Я люблю останавливаться в гостинице "Россия"», — сказал он.