Сочетание Национальный парк рекомендуется писать с прописной буквы. (См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011; Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Прописная или строчная? М., 2005.) Во мн. числе правильно написание со строчной буквы.
Корректно: ученики выступили в «Городском саду» города Краснодара.
Можно написать: для Николая и Марии Ивановых, для Николая Иванова и Марии Ивановой.
Знаки препинания расставлены верно.
Да, приложение учителю физики школы № 5 выделяется запятыми: Благодарность Ивановой Марии Алексеевне, учителю физики школы № 5, за выступление на семинаре.
Корректно: Единственное, чего мы не нашли, – это хороший кофе. Подлежащее и сказуемое (единственное и кофе) стоят в форме именительного падежа. Ср.: Чего мы не нашли – так это хорошего кофе.
Дефисное написание правильно. Ученый здесь – существительное в значении 'высококвалифицированный специалист в области науки'. При раздельном написании ученый превратится в прилагательное со значением 'грамотный, образованный', т. е. сочетание ученый пчеловод будет означать 'грамотный пчеловод' (подразумевается, что есть и пчеловоды-неучи).
Служебные слова выделяются двумя дефисами в середине составных географических названий: Ростов-на-Дону, Комсомольск-на-Амуре. Однако названия церквей, храмов географическими названиями не являются. Поэтому правильно раздельное написание: храм Покрова на Нерли.
