Если цитата представляет собой фрагмент предложения и грамматически встроена в него, то многоточие не нужно. Но Ваш вариант построения фразы неудачен, нужно ее перестраивать. Возможен такой вариант: И это верно. Ведь «каждая несчастливая семья несчастлива по-своему». Так писал Л. Н. Толстой. 

В «Большом толковом словаре русских глаголов» в соответствии с назначением и принципами построения словаря приведены английские эквиваленты лексических значений глаголов. Словарь адресован в том числе преподавателям русского языка как иностранного. Это комплексный толково-переводно-идеографический словарь, таким его и задумывали составители.

Да, Вы правы, такое построение предложения создает двусмысленность. 
Правильным вариантом будет: «Пусть A – точка на параболе, F – фокус параболы, d – директриса параболы, AD – перпендикуляр, опущенный на директрису». В этом случае, «F» и «d» относятся к параболе, а не к точке A.

Честно говоря, не видим ошибки в этой фразе. Разве что теоретически возможно ее неоднозначное прочтение: тепло и уют подарены окнами или окна подарены теплом и уютом? Рекомендуется избегать такого построения фразы, когда можно перепутать подлежащее и дополнение. Возможно, это имел в виду учитель?

Из такого построения предложения не ясно, кем обозначена главная задача — митрополитом Иоанном или кем-то другим. Сооветственно, невозможно дать определенный ответ о необходимости указанной запятой. Если «действующие лица» двух частей предложения разные, то запятая нужна, если одно и то же — не нужна.

Объединение в однородном ряду логически несовместимых понятий чаще всего называют си́ллепсисом (си́ллепсом). Такое синтаксическое построение может быть как ошибкой, так и намеренным стилистическим приемом, преследующим те или иные (часто комические) цели. См., например: Культура русской речи: энциклопедический словарь-справочник / Под ред. Л. Ю. Иванова, А. П. Сковородникова, Е. Н. Ширяева и др. М., 2003. С. 614–615.

Знаки препинания расставлены верно.