Лучше: стояло три бутылки.
При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: две (три, четыре) картонные коробки. Но и вариант две (три, четыре) картонных коробки возможен, это не ошибка.
Правильно: трое суток. Но: годен в течение трех суток.
Правильно: Доброе утро, мама! В русском языке в качестве приветствия используется именительный падеж, а родительный падеж используется при прощании: Счастливого пути! Спокойной ночи!
Верно: Сотрудники обнаружили три металлических предмета, напоминающие взрывные устройства и содержащие порох.
Слово онлайн-заполнение еще не зафиксировано словарями, но его появление вполне закономерно по аналогии с онлайн-общение, онлайн-голосование, поэтому рекомендуем: онлайн-заполнение заявок.
Если речь идет исключительно об онлайн-заявках, то лучше написать: заполнение онлайн-заявок.
Правильно: боевая машина пехоты — 2.
Верно: три бутЫли, пять бутЫлей. Это слово женского рода, ударение во всех формах падает на Ы.