Вероятно, алгоритм программы находит однородные члены предложения (им и двоим, там и негде). В действительности однородных членов нет, запятые не нужны.

Запятая перед тире необходима, так как она закрывает придаточное предложение который она находит. См. параграф 64.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

Ответить на Ваш вопрос мы попросили д. ф. н. М. Я. Дымарского.

Первая основа: они отличаются; вторая: морда; третья: зубы заходят и не видны.
 

Придаточное предложение что ищет нужно выделить запятыми с двух сторон: Во втором случае посетитель не находит у Вас ничего из того, что ищет, и уходит.

Названные Вами сочетания не являются, строго говоря, словосочетаниями. В словосочетание должны входить хотя бы два самостоятельных слова, связанных подчинительной связью. Оба названных Вами предлога используются со словом "вздутие".

Все буквы в аббревиатуре ВАС прописные. Что касается других аббревиатур, то в их состав могут входить как прописные, так и строчные буквы. Подробнее см. в «Письмовнике».

В словарях русского языка у глагола процветать отмечено не только значение 'успешно развиваться, находиться в состоянии подъёма, расцвета' (процветают науки, процветает страна), но и значение 'иметь широкое распространение'. И в этом значении с глаголом процветать могут сочетаться и существительные, обозначающие негативные явления. Поэтому можно сказать процветает терроризм, процветает коррупция. Правда, словари по-разному описывают стилистическую окраску такого значения глагола процветать. В «Большом академическом словаре русского языка» оно дано как нейтральное, а «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова указывает, что такое употребление носит разговорный оттенок, т. е. не должно выходить за пределы разговорной речи.

Слово соавтор может входить в оба типа сочетаний: чей-либо соавтор (соавтор кого-либо) и соавтор чего-либо. Таким образом, верно и соавтор Петра, и соавтор книги. Также возможен вариант: соавтор Петра по книге.