Да, слова «труд» и «трудный» являются однокоренными с исторической точки зрения. 

Слово путем фиксируется в словарях и грамматиках как производный отымённый предлог, а слово методом — нет. Это связано с тем, что форма существительного путем в конструкциях с последующим род. падежом в большинстве контекстов:

1)  утратила лексическое значение, свойственное существительному путь и используется для выражения значения абстрактного отношения между главным словом и зависимой формой родительного падежа: подтвердить (главное слово) путем референдума (зависимое слово); сформировать (главное слово) путем выборки (зависимое слово) и т. п.

2) при выражении абстрактного значения отношения теряет морфологические признаки существительного (не может изменяться по числам и падежам);

3) не является самостоятельным членом предложения, входит в предложно-падежную конструкцию вместе с последующей формой род. падежа.

Например:

Модель может быть расширена путем добавления новых элементов.

Модель может быть расширена путем добавления новых элементов и замены деталей корпуса.

Словоформа методом сохраняет значение существительного метод и способность к словоизменению, является самостоятельным членом предложения, а по отношению к последующему род. падежу выступает в качестве главного слова в словосочетании.

Состав наносплава определяли методом просвечивающей микроскопии.

Состав наносплава определяли методами просвечивающей и сканирующей микроскопии.

Для сравнения приведем контекст, в котором словоформа путем остается существительным (не является предлогом), так как сохраняет значение существительного путь и выполняет функцию члена предложения:

У нас появилась уникальная возможность попасть на озеро Байкал путем первооткрывателей.

Правильно: картофельный и творожный колобки (если имеются в виду разные изделия). 

Оценка такого употребления зависит от типа текста. 

С исторической точки зрения слова покупка и купец восходят к одному и тому же корню, однако в современном русском языке они однокоренными не считаются. 

Наречие накануне, как и оборот накануне (чего), в котором это слово играет роль предлога, является в предложении обстоятельством, не требующим обособления. Необходимость в обособлении может возникнуть в условиях контекста — например, если это уточняющее обстоятельство.

Обычно акт фиксирует факты и события, отчет содержит результаты деятельности, а протокол отражает ход обсуждения и принятия решений на мероприятиях. См. также раздел «Какие виды документов существуют» в «Письмовнике».

Такое написание соответствует орфографическим решениям, недавно отраженным в «Академосе» (это орфографический ресурс Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН). «Академос» сейчас предлагает писать упорядочена именно так, с одной н (и как краткое причастие, и как краткое прилагательное). Прежняя словарная рекомендация — писать краткое прилагательное упорядоченна с двумя н.

Рекомендация «Русского орфографического словаря»:

очередноли́стный: сы́ть очередноли́стная (растение)

Это глагол 1-го спряжения, поэтому правильно: колышутся.