Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

По правилам русского словообразования соединительная гласная о используется после основ на твердый согласный, а соединительная гласная е — после основ на мягкий согласный и ж, ш, ц. Поэтому правильным будет слово гвоздемёт (ср. гвоздезабивной). Существует, однако, ряд исключений из этого правила, куда входит в том числе слово гвоздодёр. Этим обусловлены колебания в речевой практике: гвоздемёт (по правилам) или гвоздомёт (как гвоздодёр). Поскольку слова гвоздемёт / гвоздомёт не зафиксированы в словарях, рекомендуется руководствоваться общим правилом и использовать вариант с соединительной гласной е.

Итак, составилось интересное и привлекательное название системы. По происхождению — аббревиатура. Ассоциативные связи соединяют ее с именем сказочного персонажа, но при этом ничто иное, кроме нового имени, не напоминает о какой бы то ни было «сказочности» (то есть два слова оказываются просто омонимами, лишь совпадающими по внешним приметам). Есть мысль использовать это искусственное название отдельно, без родового слова система. В соответствии с современными нормами словообразования и формообразования (то есть морфологии) при склонении нового слова его основа должна оставаться неизменной.

Справочник не предписывает ставить тире вместо двоеточия после обобщающих слов, а лишь указывает на существующую в современных газетных текстах тенденцию ставить в этих случаях тире вместо двоеточия. По основному правилу (приведенному в том числе и в самом справочнике) после обобщающего слова перед рядом однородных членов ставится двоеточие. На экзамене, скорее всего, написание с тире засчитают как ошибку, лучше использовать двоеточие.

Школьная программа не охватывает (да и не может охватить) всех нюансов русского языка и всех тонкостей правил правописания. Многое в школьной программе дается в упрощенном виде.

Можно написать первое слово с прописной буквы, если имеется в виду образное наименование города. Кавычки при этом использовать не нужно.

В неофициальных устойчивых, в том числе образных, названиях государств и городов с прописной буквы пишется первое (или единственное) слово, а также (если они есть) собственные имена, напр.: Страна восходящего солнца (о Японии), Страна утренней свежести (о Корее), Поднебесная империя или Поднебесная (об императорском Китае), Страна кленового листа (о Канаде), Страна тюльпанов (о Голландии), Вечный город (о Риме), Белокаменная, Первопрестольная (о Москве), Северная Пальмира (о Петербурге).

Вариант информация об объёме инвестиций полностью корректен и нейтрален. Его можно использовать в любой ситуации.

Вариант информация по объёму инвестиций нельзя назвать строго нормативным, несмотря на распространённость конструкции информация по чему-либо. Д. Э. Розенталь пишет, что использование предлога по в этом случае придаёт высказываю канцелярский характер. Авторы словаря «Грамматическая правильность русской речи» отмечают, что конструкции, в которых предлог по заменяет другие, более конкретные по значению предлоги, следует признать нежелательными. 
Тем не менее многие конструкции с предлогом по имеют шанс стать новой нормой. 

Если мужская фамилия оканчивается на согласный, она должна склоняться, при этом ее происхождение не имеет никакого значения. Вы найдете эту норму в любом справочнике, где есть раздел, посвященный склонению фамилий. 

Мы ответили Вам на вопрос «Как правильно?». Повторим: правильно склонять Вашу фамилию, ее несклонение по отношению к мужчине (например, *пришел в гости к Борсук) — такая же грамматическая ошибка, как несклонение склоняемого нарицательного существительного (например, *пришел в гости к друг). Дальше Вам решать, следовать правилу или использовать конструкции с грамматической ошибкой.

Корректно: он был интубирован.

Поставленные запятые не нужны.

Игорь, приведенный Вами пример можно оставить и без частицы НЕ, при этом неоднозначность не исчезнет: Ураган вызвал шторм. Так что такая версия вряд ли обоснованна. Напротив, старая норма предписывала использовать только родительный падеж при отрицании в подавляющем большинстве случаев.

Сама грамматическая проблема выбора падежа довольно сложная, имеет долгую историю. На эту тему существует множество научных исследований. Библиографию можно найти, например, в следующем издании: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. М., 2008. С. 44-45.

А здесь - о современном употреблении: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=otr