Речь о деле о хранении секретных документов — это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен.

Это так называемые эллиптические предложения (самостоятельно употребляемые предложения с отсутствующим сказуемым). В них при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. См. также примеры подобных предложений в вопросах 311389 и 311332. 

И всё-таки после союза при этом, в данном случае соединяющего предложение с предшествующим контекстом, запятая не ставится. При чтении предложения после него может возникать пауза, но в русском письме не каждая пауза отмечается запятой.

Это так называемые эллиптические предложения (самостоятельно употребляемые предложения с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Если с помощью эллиптических предложений представлено расписание чего-либо, то тире в них рекомендуется поставить для удобочитаемости текста.

Согласно правочнику В. В. Лопатина, в начале предложения не разделяются запятой сочинительный и подчинительный союзы.

По справочнику Д. Э. Розенталя, после союза но запятая ставится при наличии паузы между союзами и не ставится, если паузы нет.

Таким образом, можно найти аргументы и в пользу запятой, и против нее.

1. Сочетание не зафиксировано академическим орфографическим словарем, но написание можно установить по правилу и аналогии: лук криспи, как картофель фри, цыпленок гриль. 

2. От приставочного глагола сов. вида образуется слово с двумя н: запечь — запеченный. Если слово масло относится к слову запеченная (фасоль запекали в чесночном масле, а не добавляли масло после запекания), то образуется причастный оборот, который нужно обособлять. 

Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Это предложение действительно может прочитано и оформлено по-разному: 1) если после существительного объекты сделать паузу, оно будет обобщающим для однородного ряда названий объектов: Учреждение направляет информацию по объектам: «...», «...», «...», «...» — и сообщает следующее...; 2) если паузу не сделать, существительное объекты будет общим приложением для этих названий: Учреждение направляет информацию по объектам «...», «...», «...», «...» и сообщает следующее...

Различия есть: в предложении С учёбой (—) беда слово беда имеет значение 'плохо, скверно' и близко по функции к словам категории состояния (аналогично обстоит дело со словом засада в предложении С контрольной (—) засада), а в предложении С дедушкой (—) беда слово беда употреблено в значении 'несчастье, горе' и выполняет функцию подлежащего в эллиптическом предложении (самостоятельно употребляемом предложении с отсутствующим сказуемым). В эллиптических предложениях тире ставится при наличии паузы и не ставится при её отсутствии. Что касается случаев первого типа, то пунктуация в них не кодифицирована, но, как представляется, здесь можно действовать аналогичным образом: ставить или не ставить тире в зависимости от паузы.

Вариантов нет, правильно только догмат.