В словосочетании самое основное ошибки нет. В предложении Я считаю, (что) доброта - лучшая вещь союз что можно опустить.

Потому что это разные фамилии. Вот правило для фамилии Дарвин: иноязычные фамилии на   -ин и -ов имеют в творительном падеже окончание -ом (Дарвином, Гершвином, Чаплином). Тем самым они отличаются от русских фамилий на -ин и -ов. Ср.: Иван Петрович Дарвин – Иваном Петровичем Дарвиным.

Кроме уже поставленной запятой перед союзом что, каких-либо еще знаков в предложении не требуется. Обратите внимание, что существительное отношение в таком контексте нужно заменить на отнесение.

В данном случае "что" - не союз и не союзное слово. Верно: знал, где что.

Слово надцать зафиксировано только в "Большом толковом словаре русского языка" С. А. Кузнецова. 

Составители РОС сообщили нам, что в свое время решили не включать его в свой словарь, так как не было уверенности, основанной на материале, что оно достаточно употребительно (в отличие от «измы», например). Сейчас словник будет расширен, и вполне возможно, что в него войдет и слово надцать.   

В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.

Слово счастлив требует формы творительного падежа, например: Он счастлив сознанием того, что нужен людям. В Вашем примере местоимение не требуется, лучше сказать: ...я счастлива, что он стал проводить с дочерью больше времени...

Правильно: Сарай превратился в не что иное, как "Дом с мезонином".

Сочетание «не кто иной» пишется через е и раздельно в предложениях с противопоставлением. Обычно после него ставится союз как, при этом сочетание имеет значение «именно». Например: Это был не кто иной, как наш директор (= Это был именно директор). Сочетание же «никто иной» пишется через и и слитно. Оно употребляется в отрицательных предложениях. Например: Никто иной не сможет это сделать.