Пробелы нужны.

Проблема в том, что, насколько нам известно, нет ни одного ГОСТа или справочника, в котором содержалось бы однозначное указание – либо на то, что между инициалами должен быть пробел, либо на то, что между инициалами пробел недопустим. Можно ориентироваться на приведенные в ГОСТах и справочниках примеры, но в одних случаях пробелы там стоят, в других – не стоят.

Поэтому приходится руководствоваться логикой и здравым смыслом. Что такое пробел? Это признак нового слова. Мы же пишем Александр Сергеевич Пушкин с пробелами. Почему сокращения этих слов мы должны писать без пробелов? Другое дело, что при наборе текста на компьютерной клавиатуре лучше ставить не обычный пробел, а неразрывный (можно запомнить комбинацию клавиш: Ctrl+Shift+пробел), чтобы избежать ситуации, при которой инициалы останутся на одной строке, а фамилия будет перенесена на другую.

Запятые нужны, этикетное выражение с вашего позволения (дозволения, разрешения) обособляется (сравним: пожалуйста).

Падеж зависит от того, какая формулировка использована в начале документа. Если дополнительное соглашение заключили..., тогда далее корректно использовать именительный падеж: Колобкова Наталья Михайловна с одной стороны и Носова Марина Сергеевна с другой. Если документ начинается со слов дополнительное соглашение заключено между..., то корректно использовать творительный падеж: Колобковой Натальей Михайловной с одной стороны и Носовой Мариной Сергеевной с другой.
 

В таком контексте сравнительный оборот играет роль несогласованного определения: с аксельбантами (какими?) как у дембеля из стройбата. Такие случаи не описаны в справочниках по пунктуации. Уместно будет не обособлять этот оборот, поскольку существительное аксельбанты не имеет других (согласованных) определений: с аксельбантами как у дембеля из стройбата, не меньше. Сравним: с большими аксельбантами, как у дембеля из стройбата, не меньше.

Оборот с учетом полученных данных является обстоятельством, и в начале предложения он не обособляется.