Церковнославянизм иже в современном русском языке употребляется только в устойчивом выражении и иже с ним (ними) и не склоняется. Слово образовано из древнего личного (бывшего указательного) местоимения и в винительном падеже и частицы же. В древности использовались и другие местоимения этого ряда: юже (ж. р.), еже (ср. р.), яже (мн. ч.). 

В слове прийти корень — -й-, в слове приходить корень — -ход-. Эти слова связаны по смыслу и соотносительны по виду (являются видовой парой), но они не являются однокоренными. Возможны случаи, когда даже формы одного слова образованы от разных корней, ср. при-й-ти — при-ш-л-а. Такое явление называется в лингвистике супплетивизмом.

Слово спасибо, действительно, образовано от сочетания спаси богъ (после падения редуцированного ъ согласный г оказался в слабой позиции и утратился), но давно уже не воспринимается как сокращение от этого сочетания и не означает «спаси вас бог». Сейчас спасибо – обычное слово, самая распространенная в живой речи форма выражения благодарности. Сочетание большое спасибо правильно.

С исторической точки зрения такая проверка совершенно справедлива: коньки образовано от конь и названы так по форме и функции (ранее, как правило, полозья спереди украшались фигурками, похожими на лошадиную голову). Но в современном языке эти слова уже не являются однокоренными, живая связь между ними потеряна, поэтому слово коньки в школе дается как словарное.

Название Экажево без родового слова должно склоняться, так как оно образовано по русской модели с помощью суффикса -ов(о) и связано с именем Экаж и фамилией Экажев (ср. Иваново, Павлово). Однако топонимы на -ово в живой речи обнаруживают тенденцию к утрате склонения. Подробнее об этом можно прочитать в разделе «Азбучные истины». 

Правилам соответствуют написания прилагательных обыденно-эмпирический и частнонаучный: первое из них образовано от слов, обозначающих равноправные понятия (обыденный и эмпирический), второе — от основ слов, отношение между которыми носит подчинительный характер (частные науки). О написании прилагательного естественно-научный см. комментарий на орфографическом академическом ресурсе «Академос». По аналогии с естественно-научным закономерно и написание естественно-природный.

Правильно: они продержатся. Продержаться – глагол второго спряжения (образован от глагола держать, входящего в список исключений).

Корректно слитное написание. Глагол недорешать, обозначающий неполное действие, образован от глагола решать путем прибавления приставки недо-.

Угнаться – глагол второго спряжения, как и глагол гнать (входит в список исключений), от которого он образован.