В данном предложении запятая перед первым союзом и не требуется. Однако оно требует некоторой корректировки: Обращаю Ваше внимание на то, что вышеуказанные пункты отсутствуют в проекте либо выполнены не в полном объеме и что при их предоставлении и последующем рассмотрении могут быть выявлены новые замечания. 

В современной речи этот глагол встречается. Корректность его употребления можно оценивать, принимая во внимание и авторский замысел, и особенности контекста, и стилистическую принадлежность текста.  

Верно: в порядке и по форме, установленным Министерством внутренних дел Российской Федерации.

Предпочтительно не склонять: в городе-государстве Вавилон, в полисе Спарта. Географические названия, включая городские и административные, как правило, склоняются, если они являются славянскими или давно освоенными именами в русском языке. Но в случае городов-государств и названий греческих полисов предпочтительно не склонять по аналогии с другими названиями территориальных единиц, приведенных в «Словаре географических названий» А. В. Суперанской (2013).

Составной союз для того чтобы может расчленяться и в начале, и в середине предложения. См. «Справочник по пунктуации».

Обособлять не нужно. Верно: Имеется в виду в том числе заключение договора.

Рекомендуем писать такие разговорные в кавычках.

Написание стилистически сниженных слов кодифицируется академическим орфографическим словарем. О слове походу см. ответ на вопрос № 307574. 

И в этом случае запятая не нужна. Если вводное слово стоит в начале или в конце обособленного оборота, то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется: Хочу приземлённый сериал, например как «Карточный домик». Хочу приземлённый сериал, как «Карточный домик» например. А вот если вводное слово находится в середине обособленного оборота, оно выделяется запятыми по общему правилу: Хочу приземлённый сериал, как, например, «Карточный домик».