А кому адресовано письмо? Если подразумевается, что у него будет только один читатель, местоимение Вы корректно писать с большой буквы. Если же письмо адресовано многим читателям, вы следует писать с маленькой буквы по всему тексту.

Строго говоря, литературной норме такое употребление не вполне соответствует.

В последнем примере "правда" - в значении "однако, впрочем" (это не утверждение), запятые нужны. В первом примере (при подчеркивании утверждения) корректно использовать запятую.

Если оборот с повторяющимся словом присоединяется союзом и, то перед союзом ставится запятая, а при подчеркивании присоединяемой конструкции — тире. Ср.: Факты, и только факты могут подтвердить сказанное; В этом, и только в этом заключается правда; Это была победа — и важная победа; Он выигрывал — и как выигрывал! Но Д. Э. Розенталь допускает в такой конструкции и отсутствие знака, если нет интонации присоединения: Через три точки, не принадлежащие одной прямой, проходит одна и только одна плоскость.

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

Корректно: «Хотя геном, как и всякая информация, антихрупок, сам носитель генома хрупок — и должен быть таковым, чтобы сделать геном сильнее. Мы живем, чтобы производить информацию или улучшать ее. Ницше принадлежит латинская игра слов: aut liberi, aut libri — либо дети, либо книги; и то и другое — информация, которая передается из века в век» (Нассим Николас Талеб. Антихрупкость. Как извлечь выгоду из хаоса).

Запятая перед вам не нужна. Нет оснований для ее постановки.

Да, это придаточное предложение, после него также ставится запятая: Узнавайте проблемы партнёра, показывайте, что вам не всё равно, и будьте уверены в себе.