Предложение построено неудачно: к глаголу выдвинут относятся два существительных в одной и той же форме — депутатами и председателем (Тв. падеж), но они не однородны, грамматические значения у них разные. Такое сочетание слов затрудняет восприятие смысла. 

Возможны варианты в зависимости от смысла: устранены замечания к программе (замечания, которые были сделаны к работе программы) и устранены замечания программы (замечания, которые сделала программа).

Последняя часть предложения (дословно "с бесплатной тарификации абоненткой платы на три месяца") содержит ошибки и не связана ни грамматически, ни по смыслу с предшествующей фразой.

Деепричастный оборот не обособляется, если образует смысловой центр высказывания, как в примерах из примечания 1 параграфа 20.4 справочника Д. Э. Розенталя по пунктуации: «Жили Артамоновы ни с кем не знакомясь (М.Г.) — важно не то, что жили, а что жили без всяких знакомств; Это упражнение делают стоя на вытянутых носках — смысл сообщения в том, каким образом делают упражнение; Старик шёл прихрамывая на правую ногу; Студенты приобретают знания не только слушая лекции, но и выполняя практические работы; (...) Не унижая себя говорю, а говорю с болью в сердце (М.Г.)». Хотя это никак не комментируется в тексте справочника, нетрудно заметить, что деепричастный оборот в такой функции располагается в конце предложения, и это неудивительно: в русском повествовательном предложении логически ударной является конечная позиция. Деепричастный оборот, находящийся в начале предложения, может быть его смысловым центром только тогда, когда в предложении имеется явное противопоставление, как в последнем из приведенных примеров. Можно было бы допустить необособление деепричастного оборота в предложении типа Мягко картавя, а не звонко заливаясь журчал ручеёк. Поскольку в исходном примере не наблюдается подобного, деепричастный оборот здесь должен быть обособлен.

Внутри такого рода выражений фразеологического характера с двумя повторяющимися союзами и…и, ни…ни, которые соединяют слова с противоположным значением, запятая не ставится: и туда и сюда; и там и здесь.

Можно написать как совершено с угрозой применения (если преступник угрожал применить насилие), так и совершено с применением (если преступник применил насилие). Выбор зависит от смысла фразы.

Да, такая форма сказуемого корректна. Но допустимо и согласование по смыслу (Миллион жителей остались без средств). Обратите внимание на употребление предлога. Верно: без средств к существованию.

В данном случае возможны оба варианта, в зависимости от смысла, который вкладывается пишущим в высказывание: вызывающе-презрительное = вызывающее и презрительное; вызывающе презрительное = презрительное (до какой степени?) вывызвающе.