Приведенный Вами текст следует интерпретировать следующим образом: наименование медицинского изделия указывается в соответствии с титульным листом регистрационного удостоверения, а в случае если имеется еще и приложение к регистрационному удостоверению, то указывается наименование, содержащееся в таком приложении. Однако формулировка не позволяет ответить на вопрос, следует ли при наличии приложения указывать только название, которое содержится в нем, или же необходимо указать и название, обозначенное на титульном листе регистрационного удостоверения, и название, указанное в приложении. 

Вы совершенно правы. 

Между однородными определениями, не связанными союзами, ставится запятая. Определения являются однородными, если за одиночным определением следует определение, выраженное причастным оборотом: малоизвестные, расположенные на отшибе курганы; древняя, почерневшая от времени деревянная статуэтка; твёрдый, плохо выбритый подбородок (ср. при другом порядке слов: плохо выбритый твёрдый подбородок). Именно такой порядок определений наблюдается в приведенном Вами предложении: певучие, раскалённые князем-басурманом струны. 

Также должна быть поставлена запятая перед союзом и между двумя частями сложносочиненного предожения.

Ударение на первом слоге в слове сту́пица было зафиксировано как допустимое уже в "Орфоэпическом словаре русского языка" под редакцией Р. И. Аванесова в 1983 году. Что касается упоминаемых Вами словарей М. А. Штудинера и М. В. Зарвы, то нужно учитывать, что это словари особого типа: они предназначены для работников СМИ и в них не приводятся варианты. В грядущем году должен выйти в свет новый "Большой акцентологический словарь современного русского языка". 

Обстоятельственный оборот с производным предлогом в целях в начале предложения нужно было бы обособить, если бы требовалось обозначить его границы, чтобы предложение не выглядело двусмысленным, сравним пример с другим производным предлогом: Во избежание неверного понимания фразы директором, были внесены изменения в документ. – Во избежание неверного понимания фразы, директором были внесены изменения в документ (см. «Справочник по пунктуации»). В приведенном Вами предложении подобных разночтений нет, а потому для постановки запятой нет оснований.

Слова по крайней мере обычно обособляются как вводные, если относятся ко всему высказыванию: Андрей уже спал. По крайней мере, у него в комнате не было света. А. Алексин, Действующие лица и исполнители. Но запятые обычно не ставятся, если по крайней мере употребляются в роли частицы, относящейся к последующему члену предложения: Современники ожидали для молодого автора по крайней мере сибирской каторги... Б. Окуджава, Путешествие дилетантов. В приведенном Вами примере предпочтительно не ставить запятые. Но окончательное решение принимает автор текста.

Спасибо за интересный вопрос. Это отличная тема для серьезного филологического исследования. Мы можем предположить, что описанная Вами "нелюбовь" к слову брусчатый связана с его многозначностью. Ведь это прилагательное соотносится по значению не только со словом брус, но и со словами брусок (в строительстве брус и брусок различаются сечением) и брусчатка (например, в сочетании брусчатая мостовая).

С другой стороны, использование слова брусчатый (дом) оправдано аналогией с сочетанием бревенчатый дом, так что с точки зрения словообразования логика в этом прилагательном есть.

Названия лекарств и медицинских препаратов оформляются на письме так: при употреблении в качестве торговой марки названия лекарственных средств следует писать с прописной буквы в кавычках: «Агри», «Инфлювак», «Афлубин», «Фервекс»,  а в бытовом употреблении – со строчной буквы без кавычек, например: выпить фервекс, принять виагру. Также пишутся со строчной буквы без кавычек некоторые названия лекарств, вошедшие в широкий обиход вследствие многолетнего употребления (валидол, анальгин, аспирин).

В приведенном Вами примере предпочтительно писать с прописной в кавычках (всё-таки это не ситуация бытового употребления).

В сочетании г. Пермь Пермской области зависимые слова Пермской области, грамматически связанные с существительным Пермь, играют при нем роль несогласованного определения, называющего постоянный признак (см. параграф 53 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина и приведенный в нем пример табуретки с золочеными ножками).

Во втором приведенном Вами случае сочетание Пермская область грамматически не связано со словом Пермь, оно несет в себе дополнительную информацию, а потому его уместно оформить как вставку в скобках: г. Пермь (Пермская область).

Приводимые Вами примеры иллюстрируют правило о расчленении сложного подчинительного союза в случае если (сравним примеры расчленения сложного союза оттого что в параграфе 118 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина); этот союз соединяет части сложного предложения. В примере Это был если не лучший, то самый запомнившийся день в его жизни другой союз — если не..., то, и здесь он соединяет не части сложного предложения, а определения к слову день.

Правило таково: определение, относящееся к двум или нескольким существительным – однородным членам, ставится в форме единственного числа, если по смыслу сочетания ясно, что определение относится не только к ближайшему существительному, но и к последующим; в противном случае употребляется форма множественного числа. В приведенном Вами примере вполне возможно единственное число: желаю вам неиссякаемой энергии и ресурсов. Но если есть опасения, что адресат не поймет, что прилагательное неиссякаемый относится и к слову ресурсы тоже, можно написать: желаю вам неиссякаемых энергии и ресурсов.