Тире поставлено на месте пропущенного сказуемого выделяются (это тире в неполном предложении), запятыми выделен присоединительный оборот, заключающий в себе добавочные, сообщаемые попутно сведения (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Правильно: Говорили в основном насчёт поездки, которая, вопреки опасениям, закончилась благополучно. Обстоятельственный оборот с предлогом вопреки обособляется, так как стоит между подлежащим и сказуемым. См. § 75 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
В наиболее авторитетном, академическом издании собрания сочинений писателя находим раздельное написание: не подобающие ему речи (Горький М. Полное собрание сочинений. Художественные произведения. В 25 т. / АН СССР. Институт мировой литературы им. А. М. Горького. Т. 3. М.: Наука, 1969. С. 18).
В данном случае слово «Устав» пишется с прописной буквы, так как это сокращенное название конкретного документа. Такая практика сложилась в текстах официально-делового стиля. Например: Устав ООО "Ромашка", принятый на заседании правления ООО 13.05.203 (далее — Устав).
Правильно: Катюш, Лёш, Миш. В правилах обычно перечисляются те формы, в которых ь после шипящих пишется (см., например, «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 г., § 75). Звательные формы в такой перечень не входят, потому что ь в них не нужен.
Правила постановки знаков препинания при оборотах с непервоообразными (производными) предлогами — а в соответствии с и в целях являются именно такими предлогами — приведены в справочнике по пунктуации на нашем портале, а также в параграфе 75 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.
Наличие обращения в начале предложения не отмечается в справочниках в качестве фактора, влияющего на постановку тире между подлежащим и сказуемым-существительным. Факторы, действительно влияющие на постановку или непостановку тире в таком случае, перечислены в параграфе 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Запятая перед союзом и нужна, поскольку он здесь повторяющийся (см. параграф 35.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Вы изучили, зачем Господь дал вам нос, зачем дал два глаза, и почему у одних глаза чёрные, а у других — голубые или зелёные, и для чего над ними брови?
В пункте 6 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) в ряду единиц, отменяющих тире между подлежащим и сказуемым-существительным, упомянуты вводное слово, обстоятельство, дополнение, союз и частица. Обособленных поясняющих приложений в этом ряду нет, следовательно, в Вашем случае тире сохраняется.
Наречие очень относится не к сказуемому-существительному животное непосредственно, а к прилагательному сильное, что существенно отличает Ваш пример от примеров типа Мой отец для меня друг и наставник или Москва теперь порт пяти морей, приведенных в пункте 6 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
