Поскольку из предложения не вполне ясно, "кто на ком стоял", предлагаем изменить порядок слов: Просим вас выдать в монтаж оборудование на Здание 12 с комплектом рабочей, технической и заводской документации согласно заявке с перечнем оборудования и актом входного контроля, проведённого АО «ООО» при поступлении оборудования.

Как соляная статуя — сравнительный оборот, который должен выделяться запятыми по общему правилу: ...резко вскинула ладони к лицу, застыв, как соляная статуя, на холодном ночном ветру. Сравним фразеологизм стоять как соляной столб, зафиксированный в «Тезаурусе русских идиом» под ред. А. Н. Баранова и Д. О. Добровольского (2018 г.).

По правилам слова да и нет, выражающие утверждение и отрицание, отделяются или выделяются запятыми. Оснований для отсутствия запятой в приведенном Вами контексте нет, запятую следовало бы поставить.

Вы совершенно правы, такая пунктуация некорректна.

Между наименованием главы и рубрикой ставится точка. Корректно:

Глава 1. Восприятие совершенства

Часть первая 

Можно оформить мысли героев по правилам оформления прямой речи (в кавычках, без предваряющего тире), чтобы читатель мог отличить их от реплик героев.

Не обособляются деепричастия, которые являются обстоятельствами образа действия, напр.: Поезд шёл не останавливаясь («безостановочно»); Она говорила об этом улыбаясь («говорила с улыбкой»). В Вашем предложении-заголовке деепричастие не обозначает образ действия, оно указывает пусть и на парадоксальное по смыслу, но все же действие: хотя я ухожу, но при этом остаюсь. Так что запятую нужно поставить. 

В обоих случаях запятая не нужна.

1. Если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, запятая после который не ставится. Ср.: Направо была дверь, пройдя которую можно было попасть в коридор, ведущий на сцену.

2. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина дается такая рекомендация. В начале предложения не разделяются запятой сочинительный и подчинительный союзы, а также подчинительный союз и союзное слово, напр.: Денис помер. И когда я уезжал, старуха его вынесла мне гуся... Потому что где же они теперь могут встретиться?