Возможен как один, так и другой вариант — в зависимости от того, что хочет акцентировать говорящий.
Запятая перед союзом как, присоединяющим придаточную часть сложноподчиненного предложения, нужна.
Запятая перед союзом и, соединяющим однородные придаточные части, не нужна: А когда одиноко и рядом нет мамы или папы, можно её обнять.
Примыкающее к союзу для того чтобы сочетание главным образом логически выделяет придаточную часть, расчленение союза уместно: Главным образом для того, чтобы найти оптимальный результат, необходимо оценить и сформировать предпочтения... Обратите внимание: сочетание главным образом не относится к вводным словам.
Верно: Однажды маленький мальчик гулял утром по лесу и думал, что ему делать.
Запятая не нужна.
Запятая не нужна, так как две части предложения, стоящие после двоеточия, по смыслу относятся к первой части и связаны союзом и.
Запятая нужна.
Запятая не нужна: здесь как = в качестве.
Определения мрачный и пустынный в общем случае характеризуют берег с разных сторон: мрачный говорит о производимом им гнетущем впечатлении, пустынный — об отсутствии на нём людей, животных, растений. Следовательно, запятая между ними не нужна. Другое дело, что второй из этих признаков тоже может производить гнетущее впечатление. Если требуется подчеркнуть это в художественном тексте, то определения можно счесть однородными и поставить между ними запятую.