Запятая нужна. Вторая часть указывает на следствие того, о чем говорится в первой части. С тех пор не является общим элементом для обеих частей.

Верная пунктуация: Находясь вдали от Лондона, Вуд сумел, наверное, глубже и тоньше, чем другие британские или ирландские фотографы, почувствовать ветер времени, пронизывающий британскую реальность.

Возможны два варианта: без запятой и с запятой перед что.

Правильно: Кондиционеры в Москве, в том числе промышленные кондиционеры. Союз в том числе вводит присоединительный оборот, выделяемый знаками препинания.

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

В этом предложении нет присоединительного оборота, поэтому запятая перед в том числе не требуется.

Корректно слитное написание, т. к. здесь утверждается отрицательный признак: непонятны – темны, неясны. Обратите внимание: приведенная Вами фраза тяжеловесна, соответствует канцелярскому стилю, поэтому предложение желательно перестроить (например: задает вопросы о том, что ему непонятно).   

Выбор варианта зависит от того, как построено конкретное предложение.