Запятую после слов с уважением принято ставить, это связано с европейской эпистолярной традицией.
В ряде иностранных слов перед Е произносится твердый согласный. Произношение таких слов нужно уточнять в орфоэпическом словаре.
Слово действительно обособляется, когда выступает в роли вводного и подтверждает чью-либо мысль, выражает уверенность в чем-либо.
Звук [п] произносится.
В этом слове звук [д'] не оглушается.
Предпочтительно мягкое произнесение согласного.
Предпочтительно: продолжается работа по дальнейшему сближению законодательства двух стран.
Этот оборот характеризуют как существительное с предлогом в значении единого производного предлога или как предлог (см., напр.: Русская грамматика (М., 1980. § 1659); «Объяснительный словарь русского языка. Структурные слова: предлоги, союзы, частицы, междометия, вводные слова, местоимения, числительные, связочные глаголы» под ред. В. В. Морковкина (М., 2003).
Правильно: в двухтысячном году.